東京工業大学

2010年4月 - 2012年3月

（社）バイオ産業情報化コンソーシアム特別研究員(産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター共同研究員)

2006年4月 - 2010年3月

県立広島大学

2005年4月 - 2014年3月

長浜バイオ大学

2005年4月 - 2006年3月

名古屋大学工学研究科VBL 研究員

2004年4月 - 2006年3月

日本学術振興会 特別研究員(PD) 名古屋大学工学研究科マテリアル理工学専攻応用物理学分野

2003年4月 - 2004年3月

日本学術振興会 特別研究員(PD) 東京農工大学工学部生命工学科

2001年4月 - 2004年3月

MEGADOCK: An All-to-All Protein-Protein Interaction Prediction System Using Tertiary Structure Data 査読

Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS   21 ( 8 )   766 - 778   2014年

Protein-protein Interaction Network Prediction by Using Rigid-Body Docking Tools: Application to Bacterial Chemotaxis 査読

Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama

PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS   21 ( 8 )   790 - 798   2014年

MEGADOCK 3.0: A high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing environments 査読

Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Toshiyuki Sato, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

Source Code for Biology and Medicine   8   18   2013年9月

Re-Docking Scheme for Generating Near-Native Protein Complexes by Assembling Residue Interaction Fingerprints 査読

Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama

PLOS ONE   8 ( 7 )   e69365   2013年7月

2P267 相互作用プロファイルを用いたRe-docking法によるタンパク質間相互作用予測(22A.生命情報科学:構造ゲノミクス,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Hirokawa Takatsugu, Akiyama Yutaka

生物物理   53 ( 1 )   S203   2013年

The MEGADOCK project: Ultra-high-speed protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments 査読

Takehiro Shimoda, Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takayuki Fujiwara, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

2013 ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics, ACM-BCB 2013   667   2013年

2PT104 相互作用プロファイルを使った正解相互作用部位の絞込みによる再ドッキング法の研究(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka, Hirokawa Takatsugu

生物物理   52   S122   2012年

Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology 査読

Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E. Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C. Mitchell, Omar N. A. Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H. Moal, Xiaofan Li, Paul A. Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jerome Aze, Seren Soner, Sefik Kerem Ovali, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Turkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G. Pierce, Zhiping Weng, Laura Perez-Cano, Caries Pons, Juan Fernandez-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H. Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Potapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M. Driggers, Robert G. Hall, Jessica L. Morgan, Victor L. Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J. Camacho, Krishna P. Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J. Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodriguez, Daisuke Kihara, P. Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J. Wodak, Joel Janin, David Baker

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY   414 ( 2 )   289 - 302   2011年11月

1E1536 相互作用プロファイルを用いたタンパク質間ドッキングの代表相互作用の探索(ゲノム生物学、生命情報科学,第49回日本生物物理学会年会)

Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Hirokawa Takatsugu, Akiyama Yutaka

生物物理   51   S41   2011年

Analysis of protein-protein docking decoys using interaction fingerprints: application to the reconstruction of CaM-ligand complexes 査読

Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa

BMC BIOINFORMATICS   11   236   2010年5月

3P295 相互作用プロファイルを用いたクラスタ解析による正解構造の探索(生命情報科学-構造ゲノミクス,第48回日本生物物理学会年会)

Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu, Akiyama Yutaka

生物物理   50 ( 2 )   S197   2010年

2TP4-03 相互作用プロファイルを用いた揺らぎをもつタンパク質の相互作用予測解析(生命情報科学-構造ゲノミクス,第47回日本生物物理学会年会)

Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu

生物物理   49   S50   2009年

2P-284 タンパク質の揺らぎを考慮したタンパク質間ドッキングシミュレーション(生命情報科学・構造ゲノム,日本生物物理学会若手奨励賞選考会,若手招待講演,第46回日本生物物理学会年会)

Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu

生物物理   48   S119   2008年

1P488 Analysis of interaction profiles between calmodulin and various target molecules by a protein-protein interaction simulation(23. Bioinformatics, genomics and proteomics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu

生物物理   46 ( 2 )   S268   2006年

Electric charge balance mechanism of extended soluble proteins 査読

N Uchikoga, SY Takahashi, RC Ke, M Sonoyama, S Mitaku

PROTEIN SCIENCE   14 ( 1 )   74 - 80   2005年1月

2E1345 ゲノムにおける膜タンパク質の割合に関する解析(21.ゲノム生物学,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

内古閑 伸之, 五味 雅裕, 園山 正史, 美宅 成樹

生物物理   42 ( 2 )   S111   2002年

Distribution of Significantly Repetitive Tuples Implying

Uchikoga Nobuyuki, Suyama Akira

Genome Informatics   8   350 - 351   1997年

Analysis of Amino Acid Properties in Interaction Surfaces of Decoys Generated by Re-Docking Scheme

Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL   108 ( 2 )   472A - 472A   2015年1月

Re-Docking Scheme to Explore Docking Search Space by using Interaction Profiles

Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL   106 ( 2 )   410A - 410A   2014年1月

MEGADOCK:構造ドッキング計算を用いたタンパク質間相互作用の大規模予測

大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集   13th   63   2013年5月

越境するのか? されるのか? 4次元ポケットを介した創造

根本 航, 内古閑 伸之

生物物理   52 ( 2 )   110 - 111   2012年3月

ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測(一般講演(バイオ情報学),機械学習によるバイオデータマインニング,一般)

大上 雅史, 松崎 由理, 内古閑 伸之, 石田 貴士, 秋山 泰

電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング   111 ( 96 )   169 - 176   2011年6月

ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質‐RNA間相互作用予測

大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告   111 ( 96(NC2011 1-19) )   169 - 176   2011年6月

タンパク質間相互作用予測における可視化手法の開発および予測精度の改善(一般講演(バイオ情報学),機械学習によるバイオデータマインニング,一般)

山本 航平, 大上 雅史, 内古閑 伸之, 松崎 由理, 石田 貴士, 秋山 泰

電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング   111 ( 96 )   177 - 183   2011年6月

タンパク質間相互作用予測における可視化手法の開発および予測精度の改善

山本航平, 大上雅史, 内古閑伸之, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告   111 ( 96(NC2011 1-19) )   177 - 183   2011年6月

タンパク質複合体予測のためのポストドッキング解析における相互作用比較法

内古閑 伸之, 広川 貴次

生物物理   51 ( 1 )   28 - 29   2011年1月

タンパク質とRNAの立体構造に基づいた網羅的計算による相互作用予測

大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰

ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集   2011   56 - 56   2011年1月

Exhaustive protein-protein interaction network prediction by using MEGADOCK

Akiyama, Y, Matsuzaki, Y, Uchikoga, N, Ohue, M

Biosupercomputing Newsletter   3   p.8   2010年12月

MEGADOCKによるタンパク質間相互作用予測~システム生物学への応用~

松崎由理, 大上雅史, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰

Tsubame e-Sci J   2 ( 2 )   (JA)14-18,(EN)34-37 - 18   2010年11月

MEGADOCKによるタンパク質間相互作用予測--システム生物学への応用

松崎 由理, 大上 雅史, 内古閑 伸之

Tsubame ESJ.   2   34 - 37   2010年11月

相互作用プロファイルによるタンパク質複合体予測のポストドッキング解析

内古閑伸之, 広川貴次, 秋山泰

構造活性相関シンポジウム講演要旨集   38th   50 - 51   2010年10月

大きな構造変化を考慮したタンパク質複合体予測構造の相互作用プロファイルを用いたクラスタ解析

内古閑伸之, 広川貴次

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集   9th   136   2009年4月

構造変化を伴うタンパク質間ドッキングシミュレーション

内古閑伸之, 広川貴次

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集   8th   56   2008年5月

1P252 構造変化の大きなタンパク質におけるアミノ酸残基間の相互作用プロファイルを利用した複合体形成シミュレーション解析(生命情報科学(構造・機能・比較ゲノミクス),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

内古閑 伸之, 広川 貴次

生物物理   47 ( 1 )   S86   2007年11月

1P286 ダンベル型タンパク質-標的分子複合体における物理化学的相互作用の解析(生命情報科学 A) 構造ゲノミクス))

内古閑 伸之, 美宅 成樹

生物物理   45 ( 1 )   S103   2005年10月

Genome scale classification of extended proteins by a predictor SOSUIdumbbell

Uchikoga, N

Genome Informatics   14   p.524 - 525   2003年12月

複合体における伸びた形をしたタンパク質のアミノ酸配列による予測

内古閑 伸之, 高橋 俊哉, 柯 閏聡, 園山 正史, 美宅 成樹

生物物理   43 ( 1 )   S212   2003年8月

ゲノムにおける膜タンパク質の割合に関する解析

内古閑伸之, 五味雅裕, 園山正史, 美宅成樹

日本生物物理学会年会講演予稿集   40th   S111   2002年11月

7aPS-68 RNAスプライシングに注目したDNA塩基配列解析(ポスターセッション(古典スピン系一般,量子スピン系,電子系他),領域12合同,領域11)

藤原 豊史, 内古閑 伸之, 美宅 成樹

日本物理学会講演概要集   57 ( 2 )   251 - 251   2002年8月

Prediction system for dumbbell-type proteins SOSUIdumbbell

Uchikoga, N

Genome Informatics   12   p.328 - 329   2001年12月

ゲノム塩基配列全体にみられる統計的有意に多いタプルを用いた遺伝子水平移動の考察

内古閑伸之, 陶山明

日本生物物理学会年会講演予稿集   39th   S78   2001年10月

1P181ゲノム塩基配列全体にみられる統計的有意に多いタプルを用いた遺伝子水平移動の考察

内古閑 伸之, 陶内 明

生物物理   41 ( 1 )   S78   2001年9月

3H1600 頻出する短い配列によるE.coliゲノムの進化的考察

内古閑 伸之, 陶山 明

生物物理   40 ( 1 )   S198   2000年8月

Distances between completely matched tuples in the modern gene sequences

Uchikoga, N, Suyama, A

Genome Informatics   9   p.388 - 351   1999年12月

アミノ酸配列に観測されないcoding DNA中の頻出類似配列

内古閑伸之, 陶山明

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   22nd   764   1999年11月

DNA配列中の類似配列の出現頻度による進化的考察

内古閑伸之, 陶山明

日本生物物理学会年会講演予稿集   37th   S202   1999年9月

3PD021 DNA配列中の類似配列の出現頻度による進化的考察

内古閑 伸之, 陶山 明

生物物理   39 ( 1 )   S202   1999年9月

DNA配列に頻出する繰り返し配列

内古閑 伸之, 陶山 明

生物物理   38 ( 2 )   S96   1998年9月

DNA配列に頻出する繰り返し配列

内古閑伸之, 陶山明

日本生物物理学会年会講演予稿集   36th   S96   1998年9月

Gene has its inherent significantly repetitive tuples

Uchikoga, N, Suyama, A

Genome Informatics   8   p.350 - 389   1997年12月

現代ゲノムにおける原始遺伝子の痕跡の探査

内古閑伸之, 陶山明

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   20th   666   1997年12月

2T06 計算機による原始遺伝子の痕跡の探査

内古閑 伸之, 陶山 明

生物物理   37 ( 2 )   S129   1997年9月

計算機による原始遺伝子の痕跡の探査

内古閑伸之, 陶山明

日本生物物理学会年会講演予稿集   35th   S129   1997年9月

Vetiges of primordial words in base sequences of modern genomes

Uchikoga, N, Suyama, A

Genome Informatics   7   p.242 - 243   1996年12月

アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析

第53回日本生物物理学会年会  2015年 

タンパク質C末端に存在する機能未知配列に関する研究

第15回日本蛋白質科学会年会  2015年 

MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale supercomputing environments

3rd IIT Madras-Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics  2015年 

Analysis of protein docking decoys in terms of physicochemical properties of protein interaction surfaces using rigid-body docking process

3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics  2015年 

剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析

第53回日本生物物理学会年会  2015年 

タンパク質間相互作用残基の物理化学的性質による単純化プロファイルを用いたポストドッキング解析

第15回日本蛋白質科学会年会  2015年 

Analysis of properties of protein-protein interaction surface areas involved in more near-native complexes by Re-docking scheme

日本生物物理学会第52回年会  2014年 

MEGADOCK: a high-performance protein-protein interaction prediction tool on supercomputing environments

日本生物物理学会第52回年会  2014年 

Re-docking scheme to explore docking search space by using interaction profiles

Biophysical Society  2014年 

Protein-protein interacting prediction by using amino acids interaction pattern in rigid-body docking process.

Biophysical Society 57th annual meeting  2013年 

Re-docking scheme of protein-protein interactions for generating near-native interaction patterns in difficult docking cases. (Invited)

2nd IIT Madras - Tokyo Tech joint symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics  2013年 

Re-docking scheme for prediction of protein-protein interactions using interaction fingerprints.

The Biophysical Society of Japan  2013年 

Development of re-docking method by using native interaction patterns.

第50回日本生物物理学会年会  2012年 

Exhaustive protein-protein interaction network prediction by MEGADOCK

Asia Hub for e-Drug Discovery Symposium 2010／Yonsei University  2011年 

Representative interaction fingerprint from decoy generated by rigid-body docking

第48回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2011年 

Analysis for generating representative interaction fingerprints of protein-protein decoys (Invited)

IIT Madras-Tokyo Tech Joint Workshop on Bioinformatics and Large Scale Data Analysis／IIT Madras  2011年 

相互作用プロファイルによるタンパク質複合体予測のポストドッキング解析

第38回構造活性相関シンポジウム講演要旨集／日本薬学会  2010年 

Post-docking process for flexible protein docking problems by using intearction fingerprints

第47回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2009年 

べん毛モーターの熱反応性

第47回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2009年 

タンパク質の揺らぎを考慮したタンパク質間ドッキングシミュレーション (若手奨励賞選考会 若手招待講演)

第46回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2008年 

構造変化の大きなタンパク質におけるアミノ酸残基間の相互作用プロファイルを利用した複合体形成シミュレーション解析

第45回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2007年 

Analysis of interaction profiles between calmodulin and various target molecules by a protein-protein interaction simulation

第44回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2006年 

ダンベル型タンパク質―標的分子複合体における物理化学的相互作用の解析

第43回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2005年 

複合体における伸びた形をしたタンパク質のアミノ酸配列による予測

第41回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2003年 

ゲノムにおける膜タンパク質の割合に関する解析

第40回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2002年 

ゲノム塩基配列全体にみられる統計的有意に多いタプルを用いた遺伝子水平移動の考察

第39回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2001年 

頻出する短い配列によるE.coliゲノムの進化的考察

第38回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  2000年 

アミノ酸配列に観測されないcoding DNA中の頻出類似配列

第22回日本分子生物学会年会予稿集／日本分子生物学会  1999年 

DNA配列中の類似配列の出現頻度による進化的考察

第47回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  1999年 

DNA配列に頻出する繰り返し配列 「シンポジウム ゲノム・プロテオームの文法構造を探る」

第36回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  1998年 

計算機による原始遺伝子の痕跡の探索

第35回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会  1997年 

現代ゲノムにおける原始遺伝子の痕跡の探査 「ワークショップ 生物進化と生体ネオシステム」

第20回日本分子生物学会年会予稿集／日本分子生物学会  1996年