Organization
Undergraduate School School of Interdisciplinary Mathematical Sciences Associate Professor (non-tenured)
Title
Associate Professor (non-tenured)
External link
Degree
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博士（学術） ( 東京大学 )
Research Interests
-
タンパク質間相互作用予測
Research Areas
-
Informatics / Biological, health, and medical informatics
Education
-
The University of Tokyo
- 2001
Country/Region： Japan
-
The University of Tokyo
- 1998
Country/Region： Japan
-
Tokyo University of Science Faculty of Science and Technology Physics
- 1996
Country/Region： Japan
-
城北学園高等学校
- 1991
Country/Region： Japan
Research History
-
Meiji University School of Interdisciplinary Mathematical Sciences Associate Professor (non-tenured)
2021.4
-
Meiji University School of Interdisciplinary Mathematical Sciences Assistant Professor (non-tenured)
2018.10 - 2021.3
-
Tokyo Institute of Technology
2017.4 - 2018.3
-
立教大学非常勤講師
2012.4 - 2021
-
Chuo University Faculty of Science and Engineering
2012.4 - 2017.3
-
Tokyo Institute of Technology Graduate School of Information Science and Engineering, Department of Computer Science
2010.4 - 2012.3
-
（社）バイオ産業情報化コンソーシアム特別研究員(産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター共同研究員)
2006.4 - 2010.3
-
Prefectural University of Hiroshima Faculty of Life and Environmental Scienses
2005.4 - 2014.3
-
Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
2005.4 - 2006.3
-
名古屋大学工学研究科VBL 研究員
2004.4 - 2006.3
-
日本学術振興会 特別研究員(PD) 名古屋大学工学研究科マテリアル理工学専攻応用物理学分野
2003.4 - 2004.3
-
日本学術振興会 特別研究員(PD) 東京農工大学工学部生命工学科
2001.4 - 2004.3
Professional Memberships
-
日本生物物理学会
-
Biophysical Society
-
日本バイオインフォマティクス学会
Committee Memberships
-
Editorial Board : Frontiers in Bioinformatics (Protein Bioinformatics) Review Editor
2022
Committee type：Other
-
日本生物物理学会 第41回日本生物物理学会年会実行委員
2003
Papers
-
Evaluation of CONSRANK-Like Scoring Functions for Rescoring Ensembles of Protein-Protein Docking Poses Reviewed International journal
Guillaume Launay, Masahito Ohue, Julia Prieto Santero, Yuri Matsuzaki, Cécile Hilpert, Nobuyuki Uchikoga, Takanori Hayashi, Juliette Martin
Frontiers in molecular biosciences 7 308 - 559005 2020.10
-
Rigid-Docking Approaches to Explore Protein-Protein Interaction Space Reviewed
Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
NETWORK BIOLOGY 160 33 - 55 2017
-
Specificity of broad protein interaction surfaces for proteins with multiple binding partners Reviewed
Uchikoga N, Matsuzaki Y, Ohue M, Akiyama Y
Biophysics and Physicobiology 13 105 - 115 2016.6
-
Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka, Hirokawa Takatsugu
Seibutsu Butsuri 54 ( 1 ) S240 2014
-
Ohue Masahito, Matsuzaki Yuri, Uchikoga Nobuyuki, Ishida Takashi, Akiyama Yutaka
Seibutsu Butsuri 54 ( 1 ) S197 2014
-
MEGADOCK: An All-to-All Protein-Protein Interaction Prediction System Using Tertiary Structure Data Reviewed
Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS 21 ( 8 ) 766 - 778 2014
-
Protein-protein Interaction Network Prediction by Using Rigid-Body Docking Tools: Application to Bacterial Chemotaxis Reviewed
Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama
PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS 21 ( 8 ) 790 - 798 2014
-
MEGADOCK 3.0: A high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing environments Reviewed
Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Toshiyuki Sato, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
Source Code for Biology and Medicine 8 18 2013.9
-
Re-Docking Scheme for Generating Near-Native Protein Complexes by Assembling Residue Interaction Fingerprints Reviewed
Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
PLOS ONE 8 ( 7 ) e69365 2013.7
-
Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Hirokawa Takatsugu, Akiyama Yutaka
Seibutsu Butsuri 53 ( 1 ) S203 2013
-
The MEGADOCK project: Ultra-high-speed protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments Reviewed
Takehiro Shimoda, Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takayuki Fujiwara, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
2013 ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics, ACM-BCB 2013 667 2013
-
2PT104 Development of re-docking method by obtaining native interaction pattern(The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka, Hirokawa Takatsugu
Seibutsu Butsuri 52 S122 2012
-
Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology Reviewed
Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E. Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C. Mitchell, Omar N. A. Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H. Moal, Xiaofan Li, Paul A. Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jerome Aze, Seren Soner, Sefik Kerem Ovali, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Turkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G. Pierce, Zhiping Weng, Laura Perez-Cano, Caries Pons, Juan Fernandez-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H. Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Potapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M. Driggers, Robert G. Hall, Jessica L. Morgan, Victor L. Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J. Camacho, Krishna P. Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J. Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodriguez, Daisuke Kihara, P. Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J. Wodak, Joel Janin, David Baker
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 414 ( 2 ) 289 - 302 2011.11
-
1E1536 Representative Interaction FingerPrint from decoys generated by rigid-body protein-protein docking(Genome biology, Bioinformatics,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Hirokawa Takatsugu, Akiyama Yutaka
Seibutsu Butsuri 51 S41 2011
-
Analysis of protein-protein docking decoys using interaction fingerprints: application to the reconstruction of CaM-ligand complexes Reviewed
Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa
BMC BIOINFORMATICS 11 236 2010.5
-
3P295 Searching near-native decoys from various types of protein complexes by cluster analysis with Interaction FingerPrint(Bioinformatics: Structural genomics,The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu, Akiyama Yutaka
Seibutsu Butsuri 50 ( 2 ) S197 2010
-
2TP4-03 Post-docking process for flexible protein docking problems by using interaction fingerprints(The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu
Seibutsu Butsuri 49 S50 2009
-
2P-284 Protein-protein docking with protein flexibility from bioinformatic approach(Invited Talk for Early Research in Biophysics Award,Early Research in Biophysics Award)(The 46th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu
Seibutsu Butsuri 48 S119 2008
-
1P488 Analysis of interaction profiles between calmodulin and various target molecules by a protein-protein interaction simulation(23. Bioinformatics, genomics and proteomics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu
Seibutsu Butsuri 46 ( 2 ) S268 2006
-
Electric charge balance mechanism of extended soluble proteins Reviewed
N Uchikoga, SY Takahashi, RC Ke, M Sonoyama, S Mitaku
PROTEIN SCIENCE 14 ( 1 ) 74 - 80 2005.1
-
2E1345 Characteristic ratio of membrane proteins in genomes
Uchikoga N., Gomi M., Sonoyama M., Mitaku S.
Seibutsu Butsuri 42 ( 2 ) S111 2002
-
Distribution of Significantly Repetitive Tuples Implying
Uchikoga Nobuyuki, Suyama Akira
GI 8 350 - 351 1997
Books
-
バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド
羊土社 2006.2
MISC
-
Interaction Surfaces of Proteins Involved in Bacterial Chemotaxis with Rigid-Body Docking Decoys
Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
BIOPHYSICAL JOURNAL 112 ( 3 ) 290A - 290A 2017.2
-
A Docking Based Approach to Analyze Interaction Surfaces of Virus-Host Protein-Protein Interactions
Yuri Matsuzaki, Jaak Simm, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama
BIOPHYSICAL JOURNAL 112 ( 3 ) 451A - 452A 2017.2
-
Analysis of Physico-Chemical Properties of Protein Docking Decoys Generated by Rigid-Body Docking
Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
BIOPHYSICAL JOURNAL 110 ( 3 ) 327A - 327A 2016.2
-
Megadock 4.0. An Ultra-High-Performance Protein-Protein Docking Software for Heterogeneous Supercomputers
Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
BIOPHYSICAL JOURNAL 110 ( 3 ) 327A - 327A 2016.2
-
Post-docking analysis by physicochemical properties of protein-protein interactions generated from rigid-body docking processes
Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama
PROTEIN SCIENCE 24 253 - 253 2015.10
-
Analysis of Amino Acid Properties in Interaction Surfaces of Decoys Generated by Re-Docking Scheme
Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
BIOPHYSICAL JOURNAL 108 ( 2 ) 472A - 472A 2015.1
-
Re-Docking Scheme to Explore Docking Search Space by using Interaction Profiles
Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
BIOPHYSICAL JOURNAL 106 ( 2 ) 410A - 410A 2014.1
-
MEGADOCK:構造ドッキング計算を用いたタンパク質間相互作用の大規模予測
大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰
日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 13th 63 2013.5
-
We will Control the Integrated Information Space!
NEMOTO Wataru, UCHIKOGA Nobuyuki
Seibutsu Butsuri 52 ( 2 ) 110 - 111 2012.3
-
Docking-calculation-based All-to-all Protein-RNA Interaction Prediction
OHUE MASAHITO, MATSUZAKI YURI, UCHIKOGA NOBUYUKI, ISHIDA TAKASHI, AKIYAMA YUTAKA
IEICE technical report. Neurocomputing 111 ( 96 ) 169 - 176 2011.6
-
Docking-calculation-based All-to-all Protein-RNA Interaction Prediction
OUE MASAHITO, MATSUZAKI YURI, UCHIKOGA NOBUYUKI, ISHIDA TAKASHI, AKIYAMA YUTAKA
電子情報通信学会技術研究報告 111 ( 96(NC2011 1-19) ) 169 - 176 2011.6
-
A visualization method and accuracy improvement for protein-protein interaction predictions
YAMAMOTO KOHEI, OHUE MASAHITO, UCHIKOGA NOBUYUKI, MATSUZAKI YURI, ISHIDA TAKASHI, AKIYAMA YUTAKA
IEICE technical report. Neurocomputing 111 ( 96 ) 177 - 183 2011.6
-
A visualization method and accuracy improvement for protein-protein interaction predictions
YAMAMOTO KOHEI, OUE MASAHITO, UCHIKOGA NOBUYUKI, MATSUZAKI YURI, ISHIDA TAKASHI, AKIYAMA YUTAKA
電子情報通信学会技術研究報告 111 ( 96(NC2011 1-19) ) 177 - 183 2011.6
-
Post-docking Analysis with Protein-protein Interaction Fingerprints
UCHIKOGA Nobuyuki, HIROKAWA Takatsugu
Seibutsu Butsuri 51 ( 1 ) 28 - 29 2011.1
-
タンパク質とRNAの立体構造に基づいた網羅的計算による相互作用予測
大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰
ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集 2011 56 - 56 2011.1
-
Exhaustive protein-protein interaction network prediction by using MEGADOCK
Akiyama, Y, Matsuzaki, Y, Uchikoga, N, Ohue, M
Biosupercomputing Newsletter 3 p.8 2010.12
-
MEGADOCKによるタンパク質間相互作用予測~システム生物学への応用~
松崎由理, 大上雅史, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰
Tsubame e-Sci J 2 ( 2 ) (JA)14-18,(EN)34-37 - 18 2010.11
-
Tsubame ESJ. 2 34 - 37 2010.11
-
相互作用プロファイルによるタンパク質複合体予測のポストドッキング解析
内古閑伸之, 広川貴次, 秋山泰
構造活性相関シンポジウム講演要旨集 38th 50 - 51 2010.10
-
大きな構造変化を考慮したタンパク質複合体予測構造の相互作用プロファイルを用いたクラスタ解析
内古閑伸之, 広川貴次
日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 9th 136 2009.4
-
構造変化を伴うタンパク質間ドッキングシミュレーション
内古閑伸之, 広川貴次
日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 8th 56 2008.5
-
1P252 Docking analysis of a large conformational changing protein by using an interaction profile of amino acid residues pairs(Bioinformatics-structural, functional, and comparative genomics,Oral Presentations)
Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu
Biophysics 47 ( 1 ) S86 2007.11
-
1P286 Classification of physicochemical interactions between dumbbell-type proteins and their target proteins
Uchikoga N, Mitaku S
Biophysics 45 ( 1 ) S103 2005.10
-
Genome Scale Classification of Extended Proteins by a Predictor SOSUIdumbbell
Uchikoga Nobuyuki, Rungcong Ke, Akazawa Fumitsugu, Sonoyama Masashi, Mitaku Shigeki
GI 14 p.524 - 525 2003.12
-
Prediction to extended-type proteins in a complex molecule from their amino acid sequences
Uchikoga N, Takahashi T, Ke R, Sonoyama M, Mitaku S
Biophysics 43 ( 1 ) S212 2003.8
-
ゲノムにおける膜タンパク質の割合に関する解析
内古閑伸之, 五味雅裕, 園山正史, 美宅成樹
日本生物物理学会年会講演予稿集 40th S111 2002.11
-
DNA Sequence Analysis for RNA Splicing mechanism
Fujiwara Toyofumi, Uchikoga Nobuyuki, Mitaku Shigeki
Meeting abstracts of the Physical Society of Japan 57 ( 2 ) 251 - 251 2002.8
-
Prediction System for Dumbbell-Type Proteins: SOSUIdumbbell
Uchikoga Nobuyuki, Takahashi Shun-ya, Runcong Ke, Akazawa Fumitsugu, Sonoyama Masashi, Mitaku Shigeki
GI 12 p.328 - 329 2001.12
-
ゲノム塩基配列全体にみられる統計的有意に多いタプルを用いた遺伝子水平移動の考察
内古閑伸之, 陶山明
日本生物物理学会年会講演予稿集 39th S78 2001.10
-
Study on horizontal transfer of genes detected by tuples statistically preferred in the whole genome.
Uchikoga N, Suyama A
Biophysics 41 ( 1 ) S78 2001.9
-
Evolution of E.coli genome with statistical significant tuples
Uchikoga N, Suyama A
Biophysics 40 ( 1 ) S198 2000.8
-
Distances between Completely Matched Tuples in the Modern Gene Sequences
Uchikoga Nobuyuki, Suyama Akira
GI 9 p.388 - 351 1999.12
-
アミノ酸配列に観測されないcoding DNA中の頻出類似配列
内古閑伸之, 陶山明
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 22nd 764 1999.11
-
DNA配列中の類似配列の出現頻度による進化的考察
内古閑伸之, 陶山明
日本生物物理学会年会講演予稿集 37th S202 1999.9
-
Evolutional consideration of DNA sequence using frequency of similar tuples.
Uchikoga N, Suyama A
Biophysics 39 ( 1 ) S202 1999.9
-
Statistically significant repetition of short tuples in DNA sequences
Uchikoga N, Suyama A
Biophysics 38 ( 2 ) S96 1998.9
-
DNA配列に頻出する繰り返し配列
内古閑伸之, 陶山明
日本生物物理学会年会講演予稿集 36th S96 1998.9
-
Gene Has Its Inherent Significantly Repetitive Tuples
Uchikoga Nobuyuki, Suyama Akira
GI 8 p.350 - 389 1997.12
-
Search for the vestiges of primordial genes in modern genomes.
UCHIKOGA NOBUYUKI, SUYAMA AKIRA
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 20th 666 1997.12
-
2T06 Searching for vestiges of primodial words in base sequences of modern genomes
Uchikoga N, Suyama A
Biophysics 37 ( 2 ) S129 1997.9
-
計算機による原始遺伝子の痕跡の探査
内古閑伸之, 陶山明
日本生物物理学会年会講演予稿集 35th S129 1997.9
-
Vestiges of Primordial Words in Base Sequences of Modern Genomes
Uchikoga Nobuyuki, Suyama Akira
GI 7 p.242 - 243 1996.12
Presentations
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Re-docking by analyzing the profile of protein-protein interaction
CBI学会2016年大会 2016
-
Analysis of Physico-chemical properties of protein docking decoys generated by rigid-body docking
Biophysical society 60th annual meeting 2016
-
Biophysical view of protein interaction surfaces
低分子化合物とタンパク質の情報解析 2016
-
MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers
Biophysical society 60h annual meeting 2016
-
MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale super-computing environments
Supercomputational Life Science 2015 (SCLS2015) 2015
-
アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析
第53回日本生物物理学会年会 2015
-
タンパク質C末端に存在する機能未知配列に関する研究
第15回日本蛋白質科学会年会 2015
-
MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale supercomputing environments
3rd IIT Madras-Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics 2015
-
Analysis of protein docking decoys in terms of physicochemical properties of protein interaction surfaces using rigid-body docking process
3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics 2015
-
剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析
第53回日本生物物理学会年会 2015
-
タンパク質間相互作用残基の物理化学的性質による単純化プロファイルを用いたポストドッキング解析
第15回日本蛋白質科学会年会 2015
-
Analysis of properties of protein-protein interaction surface areas involved in more near-native complexes by Re-docking scheme
日本生物物理学会第52回年会 2014
-
MEGADOCK: a high-performance protein-protein interaction prediction tool on supercomputing environments
日本生物物理学会第52回年会 2014
-
Re-docking scheme to explore docking search space by using interaction profiles
Biophysical Society 2014
-
Protein-protein interacting prediction by using amino acids interaction pattern in rigid-body docking process.
Biophysical Society 57th annual meeting 2013
-
Re-docking scheme of protein-protein interactions for generating near-native interaction patterns in difficult docking cases. (Invited)
2nd IIT Madras - Tokyo Tech joint symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics 2013
-
Re-docking scheme for prediction of protein-protein interactions using interaction fingerprints.
The Biophysical Society of Japan 2013
-
Development of re-docking method by using native interaction patterns.
第50回日本生物物理学会年会 2012
-
Exhaustive protein-protein interaction network prediction by MEGADOCK
Asia Hub for e-Drug Discovery Symposium 2010／Yonsei University 2011
-
Representative interaction fingerprint from decoy generated by rigid-body docking
第48回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2011
-
Analysis for generating representative interaction fingerprints of protein-protein decoys (Invited)
IIT Madras-Tokyo Tech Joint Workshop on Bioinformatics and Large Scale Data Analysis／IIT Madras 2011
-
相互作用プロファイルによるタンパク質複合体予測のポストドッキング解析
第38回構造活性相関シンポジウム講演要旨集／日本薬学会 2010
-
Post-docking process for flexible protein docking problems by using intearction fingerprints
第47回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2009
-
べん毛モーターの熱反応性
第47回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2009
-
タンパク質の揺らぎを考慮したタンパク質間ドッキングシミュレーション (若手奨励賞選考会 若手招待講演)
第46回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2008
-
構造変化の大きなタンパク質におけるアミノ酸残基間の相互作用プロファイルを利用した複合体形成シミュレーション解析
第45回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2007
-
Analysis of interaction profiles between calmodulin and various target molecules by a protein-protein interaction simulation
第44回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2006
-
ダンベル型タンパク質―標的分子複合体における物理化学的相互作用の解析
第43回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2005
-
複合体における伸びた形をしたタンパク質のアミノ酸配列による予測
第41回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2003
-
ゲノムにおける膜タンパク質の割合に関する解析
第40回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2002
-
ゲノム塩基配列全体にみられる統計的有意に多いタプルを用いた遺伝子水平移動の考察
第39回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2001
-
頻出する短い配列によるE.coliゲノムの進化的考察
第38回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2000
-
アミノ酸配列に観測されないcoding DNA中の頻出類似配列
第22回日本分子生物学会年会予稿集／日本分子生物学会 1999
-
DNA配列中の類似配列の出現頻度による進化的考察
第47回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 1999
-
DNA配列に頻出する繰り返し配列 「シンポジウム ゲノム・プロテオームの文法構造を探る」
第36回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 1998
-
計算機による原始遺伝子の痕跡の探索
第35回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 1997
-
現代ゲノムにおける原始遺伝子の痕跡の探査 「ワークショップ 生物進化と生体ネオシステム」
第20回日本分子生物学会年会予稿集／日本分子生物学会 1996
Works
-
網羅的ドッキングを用いた熱帯病関連タンパク質間相互作用解析
2016.4
-
アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質相互作用予測法の開発
2015.4
-
アミノ酸配列からのタンパク質複合体形成の予測
2001.4
Research Projects
-
Tropical diseases-related protein-protein interaction analysis by using exhaustive docking
Grant number：16K00388 2016.4 - 2019.3
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Matsuzaki Yuri, Shimu Yaku, Marutan Jurietto, Renei Giyomu
Grant amount：\4420000 （ Direct Cost: \3400000 、 Indirect Cost：\1020000 ）
We have developed a computational method of protein-protein interaction (PPI) prediction by using interaction profile analysis of rigid-docking decoys. By combining originially developed interaction fingerprint representation of docking decoys and an extended machine learning (extra-trees) method, we have successfully improved prediction performance of conventional docking based prediction methods. We applied this PPI prediction method on predicting i) PPIs of Trypanosoma cruzi and ii) interactions of dengue virus and human proteins and obtained in total 67 novel PPI candidates. Two candidate pairs of high prediction score were tested by immunoprecipitation experiments and one was confirmed to have affinity. We have also conducted comparison analysis of virus-human and human-human protein interactions in terms of interaction fingerprints of docking decoy set.
-
アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発
2015.4 - 2018.3
日本学術振興会 科研費 基盤研究（C)
内古閑 伸之
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
-
プロファイル法によるタンパク質間相互作用予測
2006
Grant type：Competitive
-
アミノ酸配列からのタンパク質複合体形成の予測
Grant number：01J60033 2001.4 - 2004.3
日本学術振興会 特別研究員奨励費 特別研究員奨励費
内古閑 伸之
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
タンパク質の立体構造や複合体形成はアミノ酸残基の物理化学的相互作用によるメカニズムによって理解できる。複合体形成のメカニズムを考える基礎固めとして、アミノ酸残基間の静電相互作用に着目し、アミノ酸配列情報から伸びた形をしたタンパク質(伸長型タンパク質)の予測を行ってきた。伸長型タンパク質の立体構造の特徴はN末端側とC末端側のドメインが構造上、離れていることである。立体構造情報から得られた典型的な伸長形タンパク質はカルモジュリン、トロポニンCなどであった。また、典型的な伸長型タンパク質のアミノ酸配列から、この構造の形成メカニズムとして静電相互作用による斥力が支配的であると考えられる。
実際に立体構造データベース(PDB)のアミノ酸配列による予測からカルモジュリン、トロポニンCが得られ、さらにDNA結合タンパク質も得られた。カルモジュリンやトロポニンCのアミノ酸配列は負電荷をもつアミノ酸残基を多く持っており、正電荷を多く持つペプチド分子と結合しやすい。一方でDNA結合タンパク質は正電荷を多く持ち、負に帯電しているDNA分子と結合しやすい。
また、75種の生物ゲノムについてこの原理を適用し予測した。典型的な伸長型タンパク質であるカルモジュリンやトロポニンCはゲノム内にそれほど多くなく、伸長型タンパク質として予測された機能既知遺伝子情報の半分以上はDNA結合タンパク質であった。また、機能未知で伸長型と予測されたタンパク質は正電荷を多く持ちDNA結合タンパク質の性質を有していた。ヒトゲノムにおいては伸長型タンパク質が予測対象の75種の生物の中で最も多く予測され、機能未知でDNA結合タンパク質の性質を有している遺伝子も最も多く発見できた。以上の成果から、一般的なタンパク質の立体構造形成の相互作用をアミノ酸配列情報から考えるための方向性が見いだせた。
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