2026/03/07 更新

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ミツタケ　アヨリ
光武　亜代理
MITSUTAKE AYORI
所属
学部 理工学部 専任教授
職名
専任教授
外部リンク

学位

  • 博士（理学） （ 総合研究大学院大学 ）

研究キーワード

  • 分子シミュレーション

  • ダイナミクス

  • 生体高分子

  • 拡張アンサンブル法

  • 統計物理学

  • 緩和モード解析

研究分野

  • ライフサイエンス / 生物物理学

  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学

  • 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

経歴

  • 明治大学   理工学部物理学科   准教授

    2018年4月 - 現在

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  • さきがけ研究者（併任）

    2013年10月 - 2017年3月

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  • 大学専任講師

    2012年4月

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  • Sabbatical in Professor Charles L. Brooks,III Group, Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute

    2006年4月 - 2007年3月

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  • 大学助手(理工学部物理学科) 2007年度から助教

    2001年4月 - 2012年3月

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  • 日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業 ,ﾘｻｰﾁｱｿｼｴｲﾄ

    2000年4月 - 2001年3月

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  • 日本学術振興会 特別研究員（PD: DC2の残期間)

    1999年10月 - 2000年3月

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  • 日本学術振興会 特別研究員(DC2)

    1998年4月 - 1999年9月

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  • 豊田工業大学 非常勤講師

    1997年4月 - 1997年9月

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  • 慶應義塾大学 理工学部物理学科   専任講師

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所属学協会

委員歴

  • 日本蛋白質科学会   理事  

    2020年6月 - 現在   

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  • 分子シミュレーション研究会   幹事  

    2018年12月 - 現在   

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  • 日本生物物理学会   理事（庶務）  

    2016年6月 - 2019年6月   

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    団体区分：学協会

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  • 日本物理学会   領域運営委員  

    2013年4月 - 2014年3月   

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    団体区分：学協会

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  • 日本生物物理学会   編集委員  

    2010年1月 - 2011年12月   

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    団体区分：学協会

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  • 日本生物物理学会   Editor  

    2010年1月 - 2011年12月   

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    団体区分：学協会

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  • 蛋白質科学会   理事  

    2009年4月 - 2012年3月   

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    団体区分：その他

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  • 蛋白質科学会   理事  

    2005年4月 - 2007年3月   

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    団体区分：学協会

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  • 蛋白質科学会   Director  

    2005年4月 - 2007年3月   

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    団体区分：学協会

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論文

  • Structural and Computational Insights into Dynamics and Intermediate States of Orexin 2 Receptor Signaling. 国際誌

    Shun Yokoi, Ryoji Suno, Ayori Mitsutake

    The journal of physical chemistry. B   2024年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Orexin 2 receptor (OX2R) is a G protein-coupled receptor (GPCR) whose activation is crucial to regulation of the sleep-wake cycle. Recently, inactive and active state structures were determined from X-ray crystallography and cryo-electron microscopy single particle analysis, and the activation mechanisms have been discussed based on these static data. GPCRs have multiscale intermediate states during activation, and insights into these dynamics and intermediate states may aid the precise control of intracellular signaling by ligands in drug discovery. Molecular dynamics (MD) simulations are used to investigate dynamics induced in response to thermal perturbations, such as structural fluctuations of main and side chains. In this study, we proposed collective motions of the TM domain during activation by performing 30 independent microsecond-scale MD simulations for various OX2R systems and applying relaxation mode analysis. The analysis results suggested that TM3 had a vertical structural movement relative to the membrane surface during activation. In addition, we extracted three characteristic amino acid residues on TM3, i.e., Q1343.32, V1423.40, and R1523.50, which exhibited large conformational fluctuations. We quantitatively evaluated the changes in their equilibrium during activation in relation to the movement of TM3. We also discuss the regulation of ligand binding recognition and intracellular signal selectivity by changes in the equilibrium of Q1343.32 and R1523.50, respectively, according to MD simulations and GPCR database. Additionally, the OX2R-Gi signaling complex is stabilized in the conformation resembling a non-canonical (NC) state, which was previously proposed as an intermediate state during activation of neurotensin 1 receptor. Insights into the dynamics and intermediate states during activation gained from this study may be useful for developing biased agonists for OX2R.

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.4c00730

    PubMed

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  • Analysis of Protein Folding Simulation with Moving Root Mean Square Deviation.

    Yutaka Maruyama, Ryo Igarashi, Yoshitaka Ushiku, Ayori Mitsutake

    J. Chem. Inf. Model.   63 ( 5 )   1529 - 1541   2023年3月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jcim.2c01444

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  • Non-Markov-Type Analysis and Diffusion Map Analysis for Molecular Dynamics Trajectory of Chignolin at a High Temperature

    Hiroshi Fujisaki, Hiromichi Suetani, Luca Maragliano, Ayori Mitsutake

    Life   2022年8月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.3390/life12081188

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  • Computational Analysis of the SARS-CoV-2 RBD–ACE2-Binding Process Based on MD and the 3D-RISM Theory

    Norio Yoshida, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Akiyoshi Kuroda, Ryo Fujiki, Kodai Kanemaru, Daisuke Okamoto, Alexander E. Kobryn, Sergey Gusarov, Haruyuki Nakano

    Journal of Chemical Information and Modeling   62 ( 11 )   2889 - 2898   2022年6月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})  

    DOI： 10.1021/acs.jcim.2c00192

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  • Structural Stability Analysis of Proteins Using End-to-End Distance: A 3D-RISM Approach

    Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

    J   5 ( 1 )   114 - 125   2022年2月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI AG  

    The stability of a protein is determined from its properties and surrounding solvent. In our previous study, the total energy as a sum of the conformational and solvation free energies was demonstrated to be an appropriate energy function for evaluating the stability of a protein in a protein folding system. We plotted the various energies against the root mean square deviation, required as a reference structure. Herein, we replotted the various energies against the end-to-end distance between the N- and C-termini, which is not a required reference and is experimentally measurable. The solvation free energies for all proteins tend to be low as the end-to-end distance increases, whereas the conformational energies tend to be low as the end-to-end distance decreases. The end-to-end distance is one of interesting measures to study the behavior of proteins.

    DOI： 10.3390/j5010009

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  • Molecular Dynamics Simulations for the Determination of the Characteristic Structural Differences between Inactive and Active States of Wild Type and Mutants of the Orexin2 Receptor. 国際誌

    Shun Yokoi, Ayori Mitsutake

    The journal of physical chemistry. B   125 ( 17 )   4286 - 4298   2021年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    The orexin2 receptor (OX2R), which is classified as a class A G protein-coupled receptor (GPCR), is the target of our study. We performed over 20 several-microsecond-scale molecular dynamics simulations of the wild type and mutants of OX2R to extract the characteristics of the structural changes taking place in the active state. We introduced mutations that exhibited the stable inactive state and the constitutively active state in class A GPCRs. In these simulations, significant characteristic structural changes were observed in the V3096.40Y mutant, which corresponded to a constitutively active mutant. These conformational changes include the outward movement of the transmembrane helix 6 (TM6) and the inward movement of TM7, which are common structural changes in the activation of GPCRs. In addition, we extracted a suitable index for the quantitative evaluation of the active and inactive states of GPCRs, namely, the inter-atomic distance of Cα atoms between x(3.46) and Y(7.53). The structures of the inactive and active states solved by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy can be classified using the inter-atomic distance. Furthermore, we clarified that the inward movement of TM7 requires the swapping of M3056.36 on TM6 and L3677.56 on TM7. Finally, we discussed the structural advantages of TM7 inward movement for GPCR activation.

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.0c10985

    PubMed

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  • Universal Relation between Instantaneous Diffusivity and Radius of Gyration of Proteins in Aqueous Solution. 国際誌

    Eiji Yamamoto, Takuma Akimoto, Ayori Mitsutake, Ralf Metzler

    Physical review letters   126 ( 12 )   128101 - 128101   2021年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Protein conformational fluctuations are highly complex and exhibit long-term correlations. Here, molecular dynamics simulations of small proteins demonstrate that these conformational fluctuations directly affect the protein's instantaneous diffusivity D_{I}. We find that the radius of gyration R_{g} of the proteins exhibits 1/f fluctuations that are synchronous with the fluctuations of D_{I}. Our analysis demonstrates the validity of the local Stokes-Einstein-type relation D_{I}∝1/(R_{g}+R_{0}), where R_{0}∼0.3  nm is assumed to be a hydration layer around the protein. From the analysis of different protein types with both strong and weak conformational fluctuations, the validity of the Stokes-Einstein-type relation appears to be a general property.

    DOI： 10.1103/PhysRevLett.126.128101

    PubMed

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  • Mutation-induced change in chignolin stability from pi-turn to alpha-turn

    Yutaka Maruyama, Shunpei Koroku, Misaki Imai, Koh Takeuchi, Ayori Mitsutake

    RSC ADVANCES   10 ( 38 )   22797 - 22808   2020年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1039/d0ra01148g

    Web of Science

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  • Folding pathways of NuG2-a designed mutant of protein G-using relaxation mode analysis 査読

    Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   151 ( 4 )   2019年7月

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  • Identification of slow relaxation modes in a protein trimer via positive definite relaxation mode analysis 査読

    Karasawa Naoyuki, Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   150 ( 8 )   2019年2月

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  • Analysis of molecular dynamics simulations of 10-residue peptide, chignolin, using statistical mechanics: Relaxation mode analysis and three-dimensional reference interaction site model theory.

    Yutaka Maruyama, Hiroshi Takano, Ayori Mitsutake

    Biophysics and physicobiology   16   407 - 429   2019年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Molecular dynamics simulation is a fruitful tool for investigating the structural stability, dynamics, and functions of biopolymers at an atomic level. In recent years, simulations can be performed on time scales of the order of milliseconds using special purpose systems. Since the most stable structure, as well as meta-stable structures and intermediate structures, is included in trajectories in long simulations, it is necessary to develop analysis methods for extracting them from trajectories of simulations. For these structures, methods for evaluating the stabilities, including the solvent effect, are also needed. We have developed relaxation mode analysis to investigate dynamics and kinetics of simulations based on statistical mechanics. We have also applied the three-dimensional reference interaction site model theory to investigate stabilities with solvent effects. In this paper, we review the results for designing amino-acid substitution of the 10-residue peptide, chignolin, to stabilize the misfolded structure using these developed analysis methods.

    DOI： 10.2142/biophysico.16.0_407

    PubMed

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  • Conformational change of a biomolecule studied by the weighted ensemble method: Use of the diffusion map method to extract reaction coordinates 査読 国際誌

    Fujisaki Hiroshi, Moritsugu Kei, Mitsutake Ayori, Suetani Hiromichi

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   149 ( 13 )   134112 - 134112   2018年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.5049420

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  • Analysis of Structural Stability of Chignolin 査読

    Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

    Journal of Physical Chemistry B   122 ( 14 )   3801 - 3814   2018年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b00288

    Web of Science

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    PubMed

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  • Relaxation mode analysis for molecular dynamics simulations of proteins 招待

    Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano

    Biophysical Reviews   10 ( 2 )   375 - 389   2018年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Verlag  

    DOI： 10.1007/s12551-018-0406-7

    Scopus

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  • Application of reference-modified density functional theory: Temperature and pressure dependences of solvation free energy 査読

    Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenji Mochizuki, Kenichiro Koga

    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY   39 ( 4 )   202 - 216   2018年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/jcc.25101

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  • Dynamical Analysis Methods for Protein Folding Simulations

    Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi

    BIOPHYSICAL JOURNAL   114 ( 3 )   45A   2018年2月

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  • Two-step relaxation mode analysis with multiple evolution times applied to all-atom molecular dynamics protein simulation 査読

    N. Karasawa, A. Mitsutake, H. Takano

    PHYSICAL REVIEW E   96 ( 6 )   2017年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1103/PhysRevE.96.062408

    Web of Science

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  • Stability of Unfolded and Folded Protein Structures Using a 3D-RISM with the RMDFT 査読

    Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   121 ( 42 )   9881 - 9885   2017年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.7b08487

    Web of Science

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  • Improved Relaxation Mode Analysis of a Hen Egg-White Lysozyme Protein

    Naoyuki Karasawa, Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano

    BIOPHYSICAL JOURNAL   112 ( 3 )   353A - 353A   2017年2月

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  • A reference-modified density functional theory: An application to solvation free-energy calculations for a Lennard-Jones solution 査読

    Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenichiro Koga

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   144 ( 22 )   224104   2016年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.4953191

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  • Investigating Kinetics of Conformational Change using Molecular Dynamics and Milestoning

    Hiroshi Fujisaki, Ayori Mitsutake

    BIOPHYSICAL JOURNAL   110 ( 3 )   523A - 523A   2016年2月

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  • Relaxation mode analysis and Markov state relaxation mode analysis for chignolin in aqueous solution near a transition temperature 査読

    Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   143 ( 12 )   124111   2015年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.4931813

    Web of Science

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  • A solvation-free-energy functional: A reference-modified density functional formulation 査読

    Tomonari Sumi, Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama

    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY   36 ( 18 )   1359 - 1369   2015年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/jcc.23942

    Web of Science

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  • 19aCT-7 小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析IV

    光武 亜代理, 高野 宏

    日本物理学会講演概要集   70   3018 - 3018   2015年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

    DOI： 10.11316/jpsgaiyo.70.2.0_3018

    CiNii Research

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  • Erratum: “A solvation-Free-Energy Functional: A Reference-Modified Density Functional Formulation" [J. Comput. Chem. 2015, 36, 1359–1369] 査読

    Tomonari Sumi, Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama

    J. Comput. Chem.   36   2009 - 2011   2015年

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  • 23pAA-3 小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析III

    光武 亜代理, 高野 宏

    日本物理学会講演概要集   70   3376 - 3376   2015年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

    DOI： 10.11316/jpsgaiyo.70.1.0_3376

    CiNii Research

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  • Liquid-solid and solid-solid phase transition of monolayer water: High-density rhombic monolayer ice 査読

    Toshihiro Kaneko, Jaeil Bai, Kenji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Zeng

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   140 ( 18 )   184507   2014年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.4874696

    Web of Science

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  • Relaxation Mode Analysis for a Peptide

    Ayori Mitsutake

    BIOPHYSICAL JOURNAL   106 ( 2 )   405A - 405A   2014年1月

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  • 1P022 遷移温度付近のシニョリンの緩和モード解析(蛋白質: 構造機能相関,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

    Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano

    生物物理   54 ( 1 )   S144   2014年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.54.S144_4

    CiNii Research

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  • New Computational Approach to Determine Liquid-Solid Phase Equilibria of Water Confined to Slit Nanopores

    Toshihiro Kaneko, Jaeil Bai, Kenji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Zeng

    JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION   9 ( 8 )   3299 - 3310   2013年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/ct400221h

    Web of Science

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  • Principal Component Relaxation Mode Analysis of an All-Atom Molecular Dynamics Simulation of Human Lysozyme 査読

    Toshiki Nagai, Ayori Mitsutake, Hiroshi Takanoy

    JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN   82 ( 2 )   023803   2013年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.7566/JPSJ.82.023803

    Web of Science

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  • Effective sampling algorithms and analysis method for biomolecular simulations 査読

    Ayori Mitsutake

    4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU   1518   598 - 601   2013年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.1063/1.4794640

    Web of Science

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  • Multibaric-Multithermal Ensemble Study of Liquid-Solid Phase Transition in Lennard-Jones Particles

    Toshihiro Kaneko, Ayori Mitsutake, Kenji Yasuoka

    JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN   81   SA014   2012年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Web of Science

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  • 2B1424 蛋白質系のシミュレーションの緩和モード解析(蛋白質-構造機能相関II:理論,凝集,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

    Mitsutake Ayori, Nagai Toshiki, Takano Hiroshi

    生物物理   52   S40   2012年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.52.S40_3

    CiNii Research

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  • Relaxation mode analysis of a peptide system: Comparison with principal component analysis

    Ayori Mitsutake, Hiromitsu Iijima, Hiroshi Takano

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   135 ( 16 )   164102(15 pages)   2011年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.3652959

    Web of Science

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  • Size-Dependent Phase Changes in Water Clusters

    Toshihiro Kaneko, Takuma Akimoto, Kenji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Zeng

    JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION   7 ( 10 )   3083 - 3087   2011年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/ct200458m

    Web of Science

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  • Generalized-ensemble simulations in protein science 招待

    Yoshiharu Mori, MITSUTAKE AYORI, Yuko Okamoto

    Proceedings of MSSMBS 10, edited by K.Kholmurodov/The 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS' 10:Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences   46-60   2011年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（研究会，シンポジウム資料等）   出版者・発行元：Nova Science, Hauppauge  

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  • 蛋白質系の拡張アンサンブルシミュレーション 招待

    光武 亜代理

    CAMMフォーラム   2011年6月

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    記述言語：日本語  

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  • MULTICANONICAL MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION STUDY OF THE LIQUID-SOLID AND SOLID-SOLID TRANSITIONS IN LENNARD-JONSE CLUSTERS 査読

    Toshihiro Kaneko, Kenji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Zeng

    PROCEEDINGS OF THE ASME/JSME 8TH THERMAL ENGINEERING JOINT CONFERENCE 2011, VOL 3   565 - +   2011年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    Web of Science

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  • 多変数拡張アンサンブル法

    光武 亜代理

    分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」   12 ( 2 )   29-35   2010年4月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.11436/mssj.12.2_29

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  • Multi-dimensional multicanonical algorithm, simulated tempering, replica-exchange method, and all that 招待 査読

    Ayori Mitsutake, Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

    RECENT DEVELOPMENTS IN COMPUTER SIMULATION STUDIES IN CONDENSED MATTER PHYSICS   4   89 - 105   2010年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.1016/j.phpro.2010.08.012

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  • 3P043 分子動力学法を用いた蛋白質の緩和モード解析(蛋白質-構造機能相関,第48回日本生物物理学会年会)

    Nagai Toshiki, Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi

    生物物理   50 ( 2 )   S152   2010年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.50.S152_4

    CiNii Research

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  • Simulated-tempering replica-exchange method for the multidimensional version 査読

    Ayori Mitsutake

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   131 ( 9 )   094105   2009年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.3204443

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  • Multidimensional generalized-ensemble algorithms for complex systems 査読

    Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   130 ( 21 )   214105   2009年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.3127783

    Web of Science

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  • From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering 査読

    Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto

    Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics   79 ( 4 )   2009年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1103/PhysRevE.79.047701

    Scopus

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  • From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering 査読

    Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto

    PHYSICAL REVIEW E   79 ( 4 )   047701   2009年4月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1103/PhysRevE.79.047701

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  • 1P-066 分子動力学法を用いた生体高分子系の緩和モード解析(蛋白質-計測・解析の方法論,第47回日本生物物理学会年会)

    Nagai Toshiki, Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi

    生物物理   49   S73   2009年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.49.S73_3

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  • Generalized-ensemble algorithms for protein folding simulations 査読

    Yuji Sugita, Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto

    Lecture Notes in Physics   736   369 - 407   2008年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer-Verlag, Berlin  

    DOI： 10.1007/978-3-540-74029-2_14

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  • Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory 査読

    A. Mitsutake, M. Kinoshita, F. Hirata, Y. Okamoto

    CONDENSED MATTER PHYSICS   10 ( 4 )   495 - 508   2007年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • 拡張アンサンブル入門IV 査読

    光武 亜代理

    分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」   8 ( 2 )   8-15   2006年

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.11436/mssj1998.8.8

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  • 拡張アンサンブル入門V 査読

    光武 亜代理

    分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」   8 ( 4 )   39-49   2006年

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.11436/mssj1998.8.36_39

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  • Generalized-ensemble simulations of biomoleculer systems 査読

    A. Mitsutake

    BIOPHYSICAL JOURNAL   88 ( 1 )   513A - 513A   2005年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • 拡張アンサンブル入門II 査読

    光武 亜代理

    分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」   7 ( 3 )   2-10   2005年

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • 拡張アンサンブル入門III 査読

    光武 亜代理

    分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」   7 ( 4 )   25-32   2005年

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.11436/mssj1998.7.32_25

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  • 拡張アンサンブル入門I 査読

    光武 亜代理

    分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」   7 ( 2 )   11-17   2005年

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.11436/mssj1998.7.30_11

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  • Combination of the replica-exchange Monte Carlo method and the reference interaction site model theory for simulating a peptide molecule in aqueous solution 査読

    A. Mitsutake, M Kinoshita, Y Okamoto, F Hirata

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   108 ( 49 )   19002 - 19012   2004年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/jp047824d

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  • Replica-exchange extensions of simulated tempering method 査読

    A. Mitsutake, Y Okamoto

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   121 ( 6 )   2491 - 2504   2004年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.1766015

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  • Generalized-ensemble Monte Carlo algorithms for simulations of proteins 査読

    A. Mitsutake, Y Sugita, Y Okamoto

    SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS   708   350 - 351   2004年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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  • Molecular dynamics of C-peptide of ribonuclease A studied by replica-exchange Monte Carlo method and diffusion theory 査読

    G La Penna, A. Mitsutake, M Masuya, Y Okamoto

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS   380 ( 5-6 )   609 - 619   2003年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2003.07.031

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  • Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides. I. Formulation and benchmark test 査読

    A. Mitsutake, Y Sugita, Y Okamoto

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   118 ( 14 )   6664 - 6675   2003年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.1555847

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  • Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides. II. Application to a more complex system 査読

    A. Mitsutake, Y Sugita, Y Okamoto

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   118 ( 14 )   6676 - 6688   2003年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.1555849

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  • レプリカ交換モンテカルロ法と拡散理論によるリボヌクレアーゼAのCペプチドの解析

    光武 亜代理, Penna Giovanni, 升屋 正人, 岡本 祐幸

    生物物理   43   S92   2003年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.43.S92_3

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  • Generalized-ensemble simulations of spin systems and protein systems 査読

    T Nagasima, Y Sugita, A. Mitsutake, Y Okamoto

    COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS   146 ( 1 )   69 - 76   2002年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0010-4655(02)00436-8

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  • A pH-Dependent variation in alpha-helix structure of the S-peptide of ribonuclease A studied by Monte Carlo simulated annealing 査読

    T Nakazawa, S Ban, Y Okuda, M Masuya, A. Mitsutake, Y Okamoto

    BIOPOLYMERS   63 ( 4 )   273 - 279   2002年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/bip.10055

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  • 1J1615 RISM理論による溶媒効果を含むMet-enkephalinのレプリカ交換シミュレーション(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

    光武 亜代理, 木下 正弘, 岡本 祐幸, 平田 文男

    生物物理   42 ( 2 )   S58   2002年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.42.S58_3

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  • Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations of biopolymers 査読

    A. Mitsutake, Y Sugita, Y Okamoto

    BIOPOLYMERS   60 ( 2 )   96 - 123   2001年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/1097-0282(2001)60:2<96::AID-BIP1007>3.0.CO;2-F

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  • 拡張アンサンブル法によるタンパク質の折り畳みシミュレーション 査読

    杉田有治, 光武亜代理, 岡本祐幸

    日本物理学会誌   56 ( 8 )   591-599 - 599   2001年

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：一般社団法人 日本物理学会  

    タンパク質などの多自由度の系では,エネルギー極小状態が無数に存在するため,従来の手法による計算機シミュレーションでは,それらのエネルギー極小状態に留まってしまうという難点がある.筆者らはこの困難を克服する手法として,拡張アンサンブル法の適用を主張してきた.この方法は非ボルツマン因子に基づいており,ポテンシャルエネルギー空問上の一次元酔歩を実現することにより,エネルギー極小状態に留まるのを避ける.本稿では,よく知られている三つの拡張アンサンブル法(マルチカノニカル法,焼き戻し法,及びレプリカ交換法)とその改良版について解説し,それらのタンパク質の折り畳み問題における適用例を紹介する.

    DOI： 10.11316/butsuri1946.56.591

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  • 2P059RNaseAのS-ペプチドの徐冷モンテカルロ計算による立体構造予測とNMRによる予測結果の検証

    中沢 隆, 奥田 有香, 吉田 卓也, 小林 祐次, 光武 亜代理, 岡本 祐幸

    生物物理   41   S110   2001年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.41.S110_3

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  • Generalized-ensemble Monte Carlo simulations of peptides 査読

    光武 亜代理

    物性研究   76   840-847   2001年

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • 3P063プロテインGのモデル溶媒中での拡張アンサンブルシミュレーション

    光武 亜代理, 杉田 有治, 岡本 祐幸

    生物物理   41   S174   2001年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.41.S174_3

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  • Replica-exchange simulated tempering method for simulations of frustrated systems 査読

    A. Mitsutake, Y Okamoto

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS   332 ( 1-2 )   131 - 138   2000年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0009-2614(00)01262-8

    Web of Science

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  • Multicanonical algorithm combined with the RISM theory for simulating peptides in aqueous solution 査読

    A. Mitsutake, M Kinoshita, Y Okamoto, F Hirata

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS   329 ( 3-4 )   295 - 303   2000年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0009-2614(00)01018-6

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  • 徐冷モンテカルロ法によるヒト副甲状腺ホルモン断片のα-ヘリックス構造形成機構の研究

    奥田 有香, 升屋 正人, 光武 亜代理, 岡本 祐幸, 中沢 隆

    生物物理   40 ( Suppl.1 )   S18 - S18   2000年8月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：(一社)日本生物物理学会  

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  • Helix-coil transitions of amino-acid homo-oligomers in aqueous solution studied by multicanonical simulations 査読

    Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   112 ( 23 )   10638 - 10647   2000年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Inst of Physics  

    DOI： 10.1063/1.481697

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  • Classification of low-energy conformations of met-enkephalin in the gas phase and in a model solvent based on the extended scaled particle theory 査読

    A. Mitsutake, M Irisa, Y Okamoto, F Hirata

    BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN   72 ( 8 )   1717 - 1729   1999年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1246/bcsj.72.1717

    Web of Science

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  • Alpha-Helix propensities of homo-oligomers in aqueous solution studied｡｡by multicanonical algorithm 査読

    A. Mitsutake, Y. Okamoto

    Chem. Phys. Lett.   309 ( 1-2 )   95 - 100   1999年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0009-2614(99)00661-2

    Web of Science

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  • 3PA037 マルチカノニカル法による小ペプチド系の2次構造形成シミュレーション

    光武 亜代理, 岡本 祐幸

    生物物理   39   S158   1999年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.39.S158_1

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  • Temperature dependence of distributions of conformations of a small peptide 査読

    A. Mitsutake, UHE Hansmann, Y Okamoto

    JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING   16 ( 4-6 )   226 - +   1998年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S1093-3263(99)00013-3

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  • A method for calculating the eigenvalues of large Hermitian matrices by second-order recursion formulae 査読

    A. Mitsutake, T Iitaka, Y Okamoto

    COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS   96 ( 2-3 )   217 - 231   1996年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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書籍等出版物

  • Biomolecular Simulations: Methods and Protocols

    A. Mitsutake, Y. Mori, Y. Okamoto（ 担当： 共著）

    2012年 

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    記述言語：英語  

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MISC

  • Characteristic structural difference between inactive and active states of orexin 2 receptor determined using molecular dynamics simulations

    Shun Yokoi, Ayori Mitsutake

    Biophysical Reviews   2021年

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    記述言語：英語   掲載種別：書評論文，書評，文献紹介等   出版者・発行元：Springer Science and Business Media Deutschland GmbH  

    DOI： 10.1007/s12551-021-00862-1

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  • 生体分子の分子シミュレーションから反応座標をどう抜き出すか?

    藤崎 弘士, 末谷 大道, 光武 亜代理

    日本物理学会講演概要集   72 ( 0 )   3237 - 3237   2017年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本物理学会  

    &lt;p&gt;生体分子の機能を調べるためには構造変化のダイナミクス、特にその分子的な詳細を調べなければならない。現在は計算機も高速になり、小さな系であれば構造変化をサンプルすることも可能になりつつあるが、その際にどの反応座標で反応を解析するかということに関してはまだ経験的であり、最適な手法は見つかっていない。ここでは拡散マップ法を用いて、転移温度上のシニョリンのダイナミクスから、どのように反応座標が抜き出されるか調べたい。&lt;/p&gt;

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  • 19pBW-11 生体分子における構造変化遷移レートのマイルストーン法を用いた計算

    藤崎 弘士, 光武 亜代理

    日本物理学会講演概要集   71 ( 0 )   3181 - 3181   2016年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本物理学会  

    DOI： 10.11316/jpsgaiyo.71.1.0_3181

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  • 生体系のシミュレーションのサンプリング手法及び解析方法の開発 招待 査読

    光武 亜代理

    日本物理学会学会誌   70 ( 3 )   194 - 199   2015年3月

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    記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

    蛋白質は20種類のアミノ酸が共有結合であるペプチド結合でつながった1本の高分子鎖である.アミノ酸の1次配列の違いにより蛋白質の立体構造や機能が特徴づけられる.複雑な分子であるのに,生理的条件下で約100残基程度のものは自発的に1つの立体構造(天然構造)に折れ畳まれる.化学物理の視点で蛋白質の折れ畳み機構を理解することは非常に面白い.また,複数の低分子や蛋白質が非共有結合によって会合して機能を生じる現象を分子レベルで理解することも興味深い.分子動力学法は,生体高分子の構造安定性,ダイナミクスや機能について分子レベルで調べることができる強力な方法である.蛋白質系では,以下の3つの難しさがある.1つ目は系のポテンシャル関数(分子力場)の精度である.蛋白質やまわりの溶媒を構成する原子間の相互作用を古典的に正確に取り入れることが必要である.蛋白質の分子力場は1960年代後半から開発がはじまり,現在,AMBER,CHARMMやGROMACSなどの分子力場が存在する.分子力場に結果が依存することもあるが,近年,サンプリングの向上により分子力場を評価できるようになり,精度が向上している.2つ目は,サンプリングの問題である.研究対象の時間スケールに対応した十分なサンプリングをすることが必要である.蛋白質は多数の原子からなるヘテロな高分子で,周りの多くの水分子と相互作用をして構造変化する.つまり,水分子も含めた多自由度複雑系である.100残基程度の蛋白質の折れ畳み速度は通常ms程度で,分子シミュレーションで追うのは大変時間がかかる.折れ畳みに時間がかかるのは,自由エネルギー空間で状態がエネルギー極小状態にトラップされているからである(ms程度で自由エネルギーバリアーを超えられる).効率の良いサンプリング手法を用いて自由エネルギーバリアーを乗り越えることができれば,最安定構造を得ることが計算機で実現できる(最適化問題).最近は,専用計算機を駆使してms程度のシミュレーションが可能となっているが,会合系などの複雑な系では,依然,サンプリング問題は存在する.3つ目は,解析手法である.生体分子の複雑な動きから巻戻りや機能に重要な要因を抜きだす必要がある.また,自由エネルギーを計算して構造安定性を調べたり,レアイベントや重要なダイナミクスを解析したりする必要がある.蛋白質の解析手法は,シミュレーション時間の増加に伴い発展してきた.静的な(時間の情報を使わない)解析手法は多く存在するが,動的解析手法は少ない.複数の極小エネルギー安定構造の特定や,どれくらいの時間スケールでどのように構造間の遷移が生じるかなどを調べる動的な解析手法が求められている.筆者は,統計力学に基づく手法を生体高分子系の分子シミュレーションに適用・開発してきた(実験でいうと装置開発に対応する).サンプリングの問題に関しては,効率の良いサンプリング手法である拡張アンサンブル法を蛋白質系に応用することや関連する新しい手法の開発をすることを行ってきた.(本手法は,他の複雑な分子からなる系にも応用できる.)解析手法に関しては,高分子の分野で開発された緩和モード解析という動的解析手法を蛋白質のシミュレーションに導入することを試みた.本稿では,筆者が行ってきた方法論の開発について述べる.蛋白質の構造安定性,ダイナミクスや機能の機構についてはまだ分からないことが多くある.これまで開発してきた方法は,今後さらに重要性を増すと考えられる.

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  • 27pAB-11 スリット型細孔中に閉じ込められた水分子の相転移現象(27pAB 溶液・液体・光関係等,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

    金子 敏宏, Bai Jaeil, 泰岡 顕治, 光武 亜代理, Zeng Xiao Cheng

    日本物理学会講演概要集   69 ( 1 )   397 - 397   2014年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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  • 30pAA-8 小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析II(30pAA 生物物理3,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

    光武 亜代理, 小泉 祐太, 長井 俊樹, 高野 宏

    日本物理学会講演概要集   69 ( 1 )   437 - 437   2014年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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  • 30pAA-3 低温におけるウマのアポミオグロビンの分子動力学シミュレーション(30pAA 生物物理3,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

    須栗 翔, 光武 亜代理, 高野 宏

    日本物理学会講演概要集   69 ( 1 )   436 - 436   2014年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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  • 学術賞受賞寄稿「多次元焼き戻し法の開発及び緩和モード解析とWHAM法の一般化による構造解析法の開発」 招待 査読

    光武 亜代理

    分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル"   16 ( 1 )   1 - 6   2014年2月

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    記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）   出版者・発行元：分子シミュレーション研究会  

    これまで，化学や物理学の理論を駆使して蛋白質系の分子シミュレーション手法や解析手法の開発を行ってきた．特に，サンプリング手法である拡張アンサンブル法の開発を行ってきた．近年，多変数版の拡張アンサンブル法を定式化して，多変数のシミュレーティッド・テンパリング法とレプリカ交換法を結合した方法の開発を行った．さらに，高分子の分野で開発された動的解析手法である緩和モード解析を蛋白質系に適用することを試みた．ここでは，受賞対象になった研究の背景とその概略について解説する．

    DOI： 10.11436/mssj.16.1

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  • 27aXZC-6 相同タンパク質の構造ゆらぎの静的・動的性質(27aXZC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    小泉 祐太, 光武 亜代理, 高野 宏

    日本物理学会講演概要集   68 ( 1 )   433 - 433   2013年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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  • 27pXZD-3 生体高分子系での有効な拡張アンサンブル法及び構造解析法の開発(27pXZD 若手奨励賞授賞式と受賞記念講演,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    光武 亜代理

    日本物理学会講演概要集   68 ( 1 )   437 - 437   2013年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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  • 20pAB-5 相同タンパク質に対する緩和モード解析(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    小泉 祐太, 光武 亜代理, 高野 宏

    日本物理学会講演概要集   67 ( 2 )   337 - 337   2012年8月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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  • 27aPS-82 小タンパク質の拡張アンサンブル方に基づくモンテカルロシミュレーション(27aPS 領域11,領域12合同ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理分野))

    光武 亜代理, 杉田 有治, 岡本 祐幸

    日本物理学会講演概要集   57 ( 1 )   299 - 299   2002年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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  • 27pZC-10 Potts模型系の拡張アンサンブルシミュレーション

    長島 剛宏, 杉田 有治, 光武 亜代理, 岡本 祐幸

    日本物理学会講演概要集   56 ( 1 )   228 - 228   2001年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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  • “RISM理論を用いたMet-enkephalinのマルチカノニカルシミュレーション”

    光武亜代理, 木下正弘, 岡本祐幸, 平田文男

    １C1100，日本生物物理学会第38回年会予稿集(2000).   2000年

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    記述言語：日本語  

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  • Solvent Effects on Conformational Stability of Peptide and on Folding

    F. Hirata, A. Mitsutake, M. Kinoshita, Y. Okamoto

    Annual Conference on the Physical Chemistry of Liquids: Molecules - Macromolecules - Biomolecules，L54   2000年

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    記述言語：英語  

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  • 徐冷モンテカルロシミュレーションによるβ-Lactoglobulinのfragmentのαヘリックス形成傾向性の研究

    光武 亜代理, 入佐 正幸, 岡本 祐幸, 平田 文男

    生物物理   38 ( 2 )   S22   1998年9月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会  

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  • 3a-G-8 2階差分方程式による大エルミート行列の対角化法(応用数学・力学・流体物理)

    光武 亜代理, 飯高 敏晃, 岡本 祐幸

    日本物理学会講演概要集. 年会   51 ( 4 )   110 - 110   1996年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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  • 31a-P-4 マルチカノニカル法による疎水水和を考慮したペプチドの動的立体構造の研究(統計力学・物性基礎論(化学物理,散逸系,その他))

    入佐 正幸, Hansmann U., 光武 亜代理, 岡本 祐幸, 平田 文男

    日本物理学会講演概要集. 年会   51 ( 3 )   562 - 562   1996年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会  

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講演・口頭発表等

  • リングポリマーブラシの静的・動的特性

    川島聡, 高野宏, 光武 亜代理

    日本物理学会2017年年次大会  2017年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：大阪府豊中市 大阪大学  

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  • 分子動力学法を用いたタンパク質の緩和モード解析II

    唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

    日本物理学会2017年年次大会  2017年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：大阪府豊中市 大阪大学  

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  • 緩和モード解析による200残基程度の蛋白質のマイクロ秒程度の分子シミュレーションの動的解析

    光武亜代理, 竹内恒, 高野宏

    日本物理学会2017年年次大会  2017年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：大阪府豊中市 大阪大学  

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  • 生体分子の分子シミュレーションから反応座標をどう抜き出すか？

    藤崎弘士, 末谷大道, 光武亜代理

    日本物理学会2017年年次大会  2017年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：大阪府豊中市 大阪大学  

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  • Improved Relaxation Mode Analysis of a Hen Egg-white Lysozyme Protein 国際会議

    KARASAWA NAOYUKI, MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI

    Biophysical Society 61st Annual Meeting  2017年2月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：New Orleans, LA. U.S.A.  

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  • Investigating Dynamics and Kinetics of Proteins by using Relaxation Mode Analysis 招待 国際会議

    MITSUTAKE AYORI

    The Third Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches", Korea  2017年2月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：Korea  

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  • Slow Relaxation Dynamics of Hen Egg-White Lysozyme Extracted by Relaxation Mode Analysis 国際会議

    "The Third Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches",Korea  2017年2月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Korea  

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  • Relaxation Mode Analysis for Molecular Simulations of Proteins 招待 国際会議

    MITSUTAKE AYORI

    JST-Bay Area Structural Biology Workshop, U.S.  2017年1月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：Stanford, CA. U.S.A.  

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  • 緩和モード解析を用いた蛋白質のダイナミクスの研究

    光武 亜代理, 高野宏

    第30回 分子シミュレーション討論会  2016年12月  分子シミュレーション研究会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：大阪府豊中市 大阪大学  

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  • 緩和モード解析による蛋白質系の遅い緩和ダイナミクスの抽出

    唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

    第30回 分子シミュレーション討論会  2016年11月  分子シミュレーション研究会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：大阪府豊中市 大阪大学  

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  • Relaxation mode analysis for long time simulations of proteins 国際会議

    光武 亜代理, 高野宏

    第54回日本生物物理学会年会  2016年11月  日本生物物理学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：茨城県つくば市 つくば国際会議場  

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  • Dynamical analysis of protein simulations by using two-step relaxation mode analysis 国際会議

    唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

    第54回日本生物物理学会年会 The 54th Annual Meeting of the BSJ  2016年11月  日本生物物理学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：茨城県つくば市 つくば国際会議場  

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  • 分子動力学法を用いたタンパク質の緩和モード解析II

    唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

    日本物理学会2016年秋季大会  2016年9月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：金沢市 金沢大学  

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  • Two-step relaxation mode analysis with multiple evolution times of an all-atom molecular dynamics simulation of a protein 国際会議

    KARASAWA NAOYUKI, MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI

    International union of pure and applied physics 26th international conference on statistical physics  2016年7月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 改良された緩和モード解析によるたんぱく質シミュレーションの動的解析 招待

    唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏

    第16回日本蛋白質科学会年会  2016年6月  日本蛋白質科学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡市 福岡国際会議場  

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  • 緩和モード解析による蛋白質のダイナミクスの解析

    光武亜代理, 高野宏

    第16回日本蛋白質科学会年会  2016年6月  日本蛋白質科学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡市 福岡国際会議場  

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  • 生体分子における構造変化遷移レートのマイルストーン法を用いた計算

    藤崎 弘士, 光武 亜代理

    日本物理学会 第71回年次大会2016年  2016年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台市 東北学院大学  

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  • 分子動力を用いたタンパク質の緩和モード解析

    唐澤 直之, 光武 亜代理, 高野 宏

    日本物理学会 第71回年次大会2016年  2016年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台市 東北学院大学  

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  • Investigating kinetics of conformational change using molecular dynamics and milestoning 国際会議

    FUJISAKI HIROSHI, MITSUTAKE AYORI

    Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016  2016年3月  Biophysical Society

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Los Angeles, California, U.S.A.  

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  • Relaxation mode analysis for protein simulations 国際会議

    光武 亜代理, 高野 宏

    Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016  2016年2月  Biophysical Society

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Los Angeles, California, U.S.A.  

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  • 小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モードIV

    光武 亜代理, 高野 宏

    日本物理学会 2015年秋季大会  2015年9月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：吹田市 関西大学  

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  • 緩和モード解析による蛋白質の動的性質の研究

    光武 亜代理, 高野 宏

    第53回日本生物物理学会年会  2015年9月  日本生物物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：金沢市 金沢大学  

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  • 緩和モード解析による転移温度付近の10残基のシニョリンのダイナミクス 招待

    光武 亜代理, 高野 宏

    第53回日本生物物理学会年会  2015年9月  日本生物物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：金沢市 金沢大学  

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  • タンパク質系の緩和モード解析

    光武 亜代理

    第14回関東ソフトマター研究会  2015年8月  関東ソフトマター研究会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜市 慶應義塾大学 矢上キャンパス  

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  • 緩和モード解析を用いた蛋白質のダイナミクスの研究 招待

    光武 亜代理

    第15回日本蛋白質科学会年会  2015年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：徳島市 あわぎんホール  

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  • シニョリンの構造安定性解析II

    丸山豊, 光武亜代理

    日本物理学会年会  2015年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語  

    開催地：早稲田大学（東京）  

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  • 小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析III

    光武亜代理, 高野宏

    日本物理学会年会  2015年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：早稲田大学（東京）  

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  • Dynamics of 10-residue peptide, chignolin at a transition temperature, studied by relaxation mode analysis 国際会議

    光武 亜代理

    Global Environmental System Leaders (GESL) Workshop : Molecular Simulation  2015年3月  Keio University

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 緩和モード解析によるシニョリンの動的解析性質

    光武亜代理, 高野宏

    分子シミュレーション討論会  2014年11月  分子シミュレーション研究会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

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  • 剛体球参照系を用いた密度汎関数理論に基づく新しい溶媒和自由エネルギー表式

    光武亜代理, 丸山豊, 墨智成

    分子シミュレーション討論会  2014年11月  分子シミュレーション研究会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

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  • Exploring Free Energy Surfaces with Generalized-ensemble Algorithms 国際会議

    光武 亜代理

    Nose30 International Symposium 2014  2014年11月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：Keio University  

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  • Analysis for the structural stability of chignolin 国際会議

    光武 亜代理

    Nose30 International Symposium 2014  2014年11月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Keio University  

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  • Relaxation Mode Analysis of Chignolin at Transition Temperature

    光武 亜代理

    The 52nd Annual Meeting of the BSJ  2014年9月  Biophysical Society of Japan

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Hokaido  

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  • Effective Sampling Algorithms and Analysis Methods for Protein Simulations 招待 国際会議

    光武 亜代理

    The 14th KIAS Conference on Protein Structure and Function  2014年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：韓国  

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  • シニョリンの構造安定性解析

    光武 亜代理, 丸山豊

    日本物理学会秋季大会  2014年9月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：中部大学（愛知９  

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  • 分子シミュレーションを用いた蛋白質系の緩和モード解析

    光武 亜代理

    第１３回ソフトマター研究会  2014年8月  第１３回ソフトマター研究会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：首都大  

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  • 緩和モード解析によるシニョリンの動的性質

    光武亜代理, 高野宏

    蛋白質科学会年会  2014年6月  蛋白質科学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜  

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  • MD/3D-RISM法によるシニョリン蛋白質の折畳み解析

    光武 亜代理, 丸山豊

    日本蛋白質科学会年会  2014年6月  日本蛋白質科学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜  

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  • 小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析II

    光武亜代理, 小泉祐太, 長井俊樹, 高野宏

    日本物理学会 第69回年次大会(2014)東海大学、神奈川  2014年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語  

    開催地：神奈川  

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  • 低温におけるウマのアポミオグロビンの分子動力学シミュレーション

    須栗翔, 光武亜代理, 高野宏

    日本物理学会 第69回年次大会  2014年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Dynamics of Chignolin Studied by Relaxation Mode Analysis 国際会議

    Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano

    Nagoya Symposium on Depletion Forces: Celebrating the 60th Anniversary of the Asakura-Oosawa Theory (2014) Nagoya, Japan  2014年3月  名古屋大学

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：名古屋  

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  • Relaxation Mode Analysis for a Peptide 招待 国際会議

    光武 亜代理

    The Biophysical Society 58th Annual Meeting (2014) San Francisco, USA  2014年2月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Relaxation Mode Analysis for Simulations of Proteins 国際会議

    Ayori Mitsutake, Yuta Koizumi, Toshiki Nagai, Hiroshi Takano

    The 2nd international symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions" (2014) Kyoto, Japan  2014年1月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：京都  

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  • Effective Sampling Algorithms and Analysis Methods for Protein Simulations 招待 国際会議

    光武 亜代理

    3rd International Conference on Molecular Simulation (2013), Kobe, Japan  2013年11月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Relaxation Mode Analysis for Biomolecules 国際会議

    Ayori Mitsutake, Yuta Koizumi, Toshiki Nagai, Hiroshi Takano

    3rd International Conference on Molecular Simulation (2013), Kobe, Japan  2013年11月  分子シミュレーション研究会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸  

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  • 多変数拡張アンサンブル法とその応用 招待

    光武 亜代理

    計算統計物理学第4回研究会  2013年10月  計算統計物理学研究会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：山口  

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  • 小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析

    光武亜代理, 小泉祐太, 長井俊樹, 高野宏

    日本物理学会秋季大会  2013年9月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：神奈川  

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  • 分子シミュレーションによる相同タンパク質の構造ゆらぎの静的・動的性質

    小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏

    第13回日本蛋白質科学会年会  2013年6月  日本蛋白質科学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 生体分子系で有効な拡張アンサンブル法及び構造解析法の開発 招待

    光武 亜代理

    第68回日本物理学会年次大会  2013年3月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：広島大学  

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  • Effective sampling algorithms and analysis method for biomolecular simulations 国際会議

    MITSUTAKE AYORI

    The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems  2012年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Sendai  

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  • 蛋白質系への緩和モード解析の適用

    長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏

    第26回分子シミュレーション討論会  2012年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

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  • ナノ細孔中の分子の固液平衡条件を決定するための新規手法の開発

    金子敏宏, Jaeil BAI, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng ZENG

    第26回分子シミュレーション討論会  2012年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

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  • 拡張アンサンブル分子動力学法による単純液体の固液相転移温度の推定

    増永充宏, 金子敏宏, 光武亜代理, 泰岡顕治

    第26回分子シミュレーション討論会  2012年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

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  • 相同タンパク質の構造ゆらぎの緩和

    小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏

    第26回分子シミュレーション討論会  2012年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

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  • Umbrella sampling法を用いたタンパク質中のリガンド移動メカニズム の解明

    都築峰幸, 光武亜代理, 倭剛久

    第26回分子シミュレーション討論会  2012年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

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  • 分子動力学法を用いた蛋白質の緩和モード解析

    長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏

    第50回日本生物物理学会年会  2012年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：名古屋大学  

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  • 相同タンパク質に対する緩和モード解析

    小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏

    日本物理学会第67回秋季大会  2012年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：横浜国立大学  

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  • Size-Dependent Phase Transitions in TIP4P Water Clusters Investigated by Multicanonical-Ensemble Molecular Dynamics Simulations 国際会議

    T. Kaneko, T. Akimoto, K. Yasuoka, A. Mitsutake, X. C. Zeng

    Energy Landscapes  2012年8月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Austria  

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  • ヘテロポリマー系の緩和モード解析

    光武亜代理, 長井俊樹, 高野宏

    蛋白質科学会年会  2012年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：名古屋国際会議場  

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  • 拡張アンサンブル分子動力学法によるスリット型細孔中に閉じ込められた水分子の融点の推定

    金子敏宏, 泰岡顕治, 光武亜代理, X. C. Zeng

    第49回日本伝熱シンポジウム  2012年5月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：富山  

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  • 生体高分子系の緩和モード解析

    光武 亜代理, 長井 俊樹, 飯島 寛允, 高野 宏

    2012年日本物理学会春季大会  2012年3月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：関西学院大学  

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  • Exploring Free Energy Landscapes of Proteins with Molecular Simulations 国際会議

    MITSUTAKE AYORI

    The international conference on statistical mechanics of liquids: from water to biomolecules  2012年2月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Okazaki in Japan  

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  • Development of effective sampling algorithm and analysis method for biomolecular simulations 招待 国際会議

    MITSUTAKE AYORI

    4th Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences- Experiments and Simulations  2012年1月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：Nara in Japan  

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  • 拡張アンサンブル分子動力学による低分子系の固液相転移現象の研究

    金子 敏宏, 泰岡 顕治, 光武 亜代理, Xiao Cheng ZENG

    第25回分子シミュレーション討論会  2011年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京工業大学  

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  • 多変数シミュレーティッド・テンパリング法の開発

    光武 亜代理

    分子シミュレーション討論会  2011年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京工業大学  

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  • Isobaric-multithermal ensemble simulation of simple liquids confined in slit pores 国際会議

    Toshihiro Kaneko, Keinji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Seng

    8th Liquid Matter Conference  2011年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Yien in Austria  

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  • Multidimensional simulated-tempering algorithm of a peptide system 国際会議

    MITSUTAKE AYORI

    The 2nd international symposium on "Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials"  2011年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Kyoto in Japan  

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  • 分子クラスターの動的共存現象とサイズ依存性

    金子敏宏, 秋元琢磨, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng Zeng

    可視化情報学会全国講演会  2011年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：富山  

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  • Dynamical coexistence and size dependence of water cluster 国際会議

    Toshihiro Kaneko, Takuma Akimoto, Kenji Yasuoka, MITSUTAKE AYORI, Xiao Cheng Zeng

    The 5th International Mini-symposium on Liquids  2011年6月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Okayama in Japan  

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  • マルチカノニカル分子動力学法による分子クラスターの転移現象の解明

    金子敏宏, 秋元琢磨, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng Zeng

    第24回分子シミュレーション討論会  2010年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福井  

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  • ペプチドの主成分解析と緩和モード解析III

    光武 亜代理, 飯島寛允, 高野宏

    日本物理学会2010年秋期大会  2010年9月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：大阪府立大学  

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  • Multidimensional Generalized-ensemble Algorithms for Protein Folding and Binding Simulations 招待 国際会議

    光武 亜代理

    The Fourth Shanghai International Conference on Biophysics and Molecular Biology (2010SICBM)  2010年8月  Shanghai Society of Biophysics

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：Shanghai and Jiashan in China  

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  • The melting points of molecular cluster studied by Multicanonical ensemble

    金子敏宏, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng Zeng

    The 4th Mini-Symposium on Liquids  2010年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

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  • 物理化学に基づく蛋白質のフォールディングシミュレーション手法と解析手法の開発 招待

    光武 亜代理

    生物構造学研究会第1回研究会  2010年5月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：いばらき量子ビーム研究センター  

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  • 生体高分子の全原子構造に対する緩和モード解析

    長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏

    日本物理学会 第65回年次大会  2010年3月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：岡山大学  

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  • 多変数シミュレーティッド・テンパリング法の開発

    光武 亜代理, 岡本 祐幸

    次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 第４回 公開シンポジウム  2010年3月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：自然科学研究機構  

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  • 拡張アンサンブル分子動力学方によるスリット細孔に閉じ込められたLennard-Joones粒子の固液相転移

    金子敏宏, 美馬俊喜, 光武亜代理, 泰岡顕治

    スーパーコンピュータワークショップ2010 大規模並列分子シミュレーションの最前線  2010年1月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：分子科学研究所  

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  • 拡張アンサンブル法を用いた両親媒性ペプチド分子の構造解析

    原知之, 光武 亜代理, 成見 哲, 泰岡顕治

    第23回分子シミュレーション討論会  2009年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：名古屋市中小企業振興会館【吹上ホール】  

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  • 多変数拡張アンサンブル法の開発

    光武 亜代理, 岡本祐幸

    第23回分子シミュレーション討論会  2009年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：名古屋市中小企業振興会館【吹上ホール】  

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  • Isobaric-Multithermalアンサンブルによるスリット細孔に閉じ込められたLennard-Jones粒子の固液相転移の解明

    金子 敏宏, 美馬 俊喜, 光武 亜代理, 泰岡顕治

    第23回分子シミュレーション討論会  2009年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：名古屋市中小企業振興会館【吹上ホール】  

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  • Development of Simulated-Tempering Algorithms for a Multidimensional Version 招待

    光武 亜代理

    The 2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences -Experiments and Simulations-  2009年11月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：Nagoya University  

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  • Multi-Dimensional Simulated-Tempering Algorithm for Peptide Systems

    MITSUTAKE AYORI, OKAMOTO YUKO

    The 3rd International symposium on "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"  2009年11月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Nagoya University  

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  • ペプチド系の多変数シミュレーティッド・テンパリングレプリカ交換シミュレーション

    Ayori Mitsutake

    第47回日本生物物理学会年会  2009年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：徳島文理大学  

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  • 分子動力学法を用いた生体高分子系の緩和モード解析

    Toshiki Nagai, Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano

    第47回日本生物物理学会年会  2009年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：徳島文理大学  

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  • 分子動力学法を用いた生体高分子系の緩和モード解析

    長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏

    日本物理学会 2009年秋季大会プログラム  2009年9月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：熊本大学  

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  • ペプチドの主成分解析と緩和モード解析II

    光武亜代理, 高野宏

    日本物理学会 2009年秋季大会プログラム  2009年9月  日本物理学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：熊本大学  

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  • Multi-dimensional simulated-tempering algorithm for complex systems

    Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto

    International Symposium on "Reaction Dynamics of Many-Body Chemical Systems"  2009年6月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Kyoto University  

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  • 多変数拡張アンサンブル法によるペプチド系のシミュレーション

    光武 亜代理

    第9回日本蛋白質科学会年会  2009年5月  日本蛋白質科学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：熊本全日空ホテルニュースカイ  

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  • 小蛋白質の折畳みシミュレーション 招待

    光武 亜代理

    次世代スーパーコンピュータプロジェクト ナノ分野グランドチャレンジ研究開発 ナノ統合拠点分子科学ＷＧ連続研究会 タンパク質制御（フォールディング）  2009年3月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：東京医科歯科大学  

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  • Generalized-Ensemble Simulations of Small Protein Systems

    MITSUTAKE AYORI

    The 2nd International symposium on "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"  2009年3月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Institute for Molecular Science  

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  • 拡張焼き戻し法によるペプチド系のシミュレーション

    光武 亜代理, 岡本 祐幸

    次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 第3回 公開シンポジウム  2009年3月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：自然科学研究機構  

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受賞

  • 学術賞

    2013年11月   分子シミュレーション研究会   多次元焼き戻し法の開発及び緩和モード解析とWHAM法の一般化による構造解析法の開発

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    受賞区分：国内学会・会議・シンポジウム等の賞  受賞国・地域：日本国

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  • 物理学会若手奨励賞（領域12）

    2013年3月   日本物理学会   生体分子系で有効な拡張アンサンブル法及び構造解析法の開発

    光武 亜代理

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    受賞区分：国内学会・会議・シンポジウム等の賞 

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共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 分子シミュレーションを駆使したオレキシン受容体の機能機構の解明

    研究課題/領域番号：22H04756  2022年4月 - 2024年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  新学術領域研究(研究領域提案型)

    光武 亜代理

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    配分額：3380000円 （ 直接経費：2600000円 、 間接経費：780000円 ）

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  • 生体分子系の分子シミュレーションと実験の相補的データ解析に向けた協働ネットワークの構築

    2022年 - 2023年

    科学技術振興機構  国際的な科学技術共同研究などの推進 国際科学技術共同研究推進事業 SICORP ReNewMAP 

    光武 亜代理

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    研究代表者らは、データ解析に緩和モード解析法を導入するなど物理学を基礎とした計算科学の手法をたんぱく質系の分子シミュレーションに応用し、近年は、これらの手法を駆使して、たんぱく質の機能メカニズムの解明に努めている。
    渡航先の研究室では、X線結晶構造解析を主とした構造生物学の研究を行っている。渡航する研究者(博士課程1年)は、渡航先で研究しているたんぱく質の最新の実験データを基に、大規模な分子シミュレーションを実行する。計算と実験を連携させて、対象たんぱく質の機能メカニズムの理解に関する研究を進める。

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    J-GLOBAL

  • アミノ酸置換による安定性・機能変化評価計算システムの構築と応用

    研究課題/領域番号：20H03230  2020年4月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    光武 亜代理, 丸山 豊

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    配分額：17940000円 （ 直接経費：13800000円 、 間接経費：4140000円 ）

    これまで、蛋白質の分子シミュレーションに関して、物理化学の理論に基づく方法論の開発を行ってきた。本研究課題では、これら手法の開発を継続するとともに環状ペプチドや膜蛋白質系に関しての機能メカニズムを理解するための理論的な基盤の構築を行う。開発した方法を駆使して、アミノ酸置換により蛋白質やペプチドのデザインを行う。
    10残基のシニョリンに関しては、いくつかの変異体のNMR実験をして、構造解析を行った。T8P変異体に関しては準安定構造が得られたが、他の変異体では天然構造をサポートするスペクトルが得られた。NMRで天然構造と準安定構造が共存するスペクトルが得られていないか考察したが、これを示す結果は得られなかった。分子シミュレーションは準安定構造が出やすいことがわかった。使用していた力場の問題の可能性があるので、力場を変えて分子シミュレーションを行った。今後、いくつかの力場を用いたシミュレーションを行い、力場の評価を行う。
    環状ペプチド系では、複合体のシミュレーションを実施して、環状ペプチドが蛋白質に結合する機構について調べた。結合能が高いペプチドは、ペプチド自身の構造が安定で揺らぎが少なく、蛋白質とは電荷による相互作用で安定に相互作用していることがわかった。
    膜蛋白質系では、大規模なデータの解析を行い興味深い結果が得られたので、結果を論文化した。Supplementary Coverに選出された。また、3D-RISM理論を用いて溶媒効果を取り入れた膜蛋白質の安定性評価システム構築を行った。膜蛋白質系は膜中に埋もれているため、膜と接触している部分と水溶媒と接触している部分があり、安定性を見積もるのが難しい。共同研究者の丸山博士は3D-RISM理論を用いた原子分割法を用いて、膜蛋白質の溶媒和自由エネルギーおよび膜との相互作用を見積もる手法を構築した。

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  • アミノ酸置換による安定性・機能変化評価計算システムの構築と応用

    研究課題/領域番号：23K20301  2020年4月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    光武 亜代理, 丸山 豊

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    配分額：17940000円 （ 直接経費：13800000円 、 間接経費：4140000円 ）

    これまで、蛋白質の分子シミュレーションに関して、物理化学の理論に基づく方法論の開発を行ってきた。本研究課題では、これら手法の開発を継続するとともに環状ペプチドや膜蛋白質系に関しての機能メカニズムを理解するための理論的な基盤の構築を行う。開発した方法を駆使して、アミノ酸置換により蛋白質やペプチドのデザインを行う。
    今年度は、小タンパク質である20残基からなるTrp-Cageというタンパク質のフォールディング過程の際に重要なアミノ酸についての知見を得る研究をした。Shawらにより公開されているTrp-Cageのフォールディングシミュレーションのトラジェクトリを入手して、溶媒効果を見積もることができる3D-RISM理論のプログラムを用いて、フォールディング過程での溶媒効果も含めたアミノ酸の安定化について詳細に調べた。各アミノ酸がフォールディング途中でどのように安定化していくかを詳細に調べ、フォールディング中の疎水相互作用や水素結合の安定化に関する知見を得た。
    さらに、膜蛋白質の睡眠に関係するGPCRであるオレキシン受容体２の研究を進めた。今年度は、アンタゴニストやアゴニストが結合した構造やクライオ電子顕微鏡で解かれた活性構造をもとに、大規模な複数のMDシミュレーションを実行した。緩和モード解析を適用して、不活性構造と活性構造の違いについて調べた。特に３番目の膜貫通ヘリックス上の３つのアミノ酸残基の状態について、リガンドが結合している場合、抜いた場合などで、側鎖の構造揺らぎを詳細に解析した。得られた研究成果をまとめて、論文として発表した。
    他、実験の研究者と、オレキシン２受容体以外のGPCRや膜タンパク質以外の生体高分子に関する共同研究を開始した。分子シミュレーションを実行して、研究を進めている。

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  • 動的データに内在するレアイベント性の新規な特徴付けと生体時系列への応用

    研究課題/領域番号：16K00059  2016年4月 - 2019年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(C)  基盤研究(C)

    藤崎 弘士, 末谷 大道, 光武 亜代理, 森次 圭, 松永 康佑

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    配分額：3640000円 （ 直接経費：2800000円 、 間接経費：840000円 ）

    動的なデータからレアイベントと呼ばれる稀な現象を抽出し、その特徴づけを行うのは難しい問題であり、シミュレーションでデータを生成するときにも同じような問題が現れる。生体分子の時系列を分子動力学シミュレーションで生成する場合は安定な状態間を乗り移る構造変化がレアイベントに対応し、上記の問題が現れるために、ここでは重み付きアンサンブル法と呼ばれる超並列計算手法を用いることで、その問題を解決できるか調べた。具体例としてはシニョリンという小さいタンパク質に適用し、動的な構造変化を効率よく生成できることが示せた。また、多様体学習の拡散マップ法を用いて、構造変化に重要な反応座標を抜き出すこともできた。

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  • 緩和モード解析によるタンパク質構造ダイナミクスの解明

    2013年10月 - 2017年3月

    戦略的創造研究推進事業さきがけプログラム 

    光武亜代理

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

    配分額：40000000円

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  • 緩和モード解析による蛋白質の構造揺らぎの動的特徴

    2013年4月 - 2014年3月

    慶應義塾大学  学事振興資金（個人研究 特Ｂ） 

    光武亜代理

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

    配分額：500000円

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  • 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索

    2010年9月 - 2014年3月

    新学術領域研究（研究領域提案型）「コンピュティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス」  科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 

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    資金種別：競争的資金

    配分額：800000円

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  • 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索

    2010年9月 - 2014年3月

    新学術領域研究（研究領域提案型）「コンピュティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス」  科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 

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    資金種別：競争的資金

    配分額：1000000円

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  • 物理化学的手法を用いた免疫系のペプチドの分子認識に対するシステムの構築

    2010年 - 2011年

    KLL指定研究プロジェクト 

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    資金種別：競争的資金

    配分額：1000000円

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  • 拡張アンサンブル法による生体高分子系のシミュレーション

    2007年4月 - 2008年3月

    科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 特定領域研究「水と生体分子」 

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    資金種別：競争的資金

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  • 拡張アンサンブル法を用いた蛋白質の分子認識についてのシミュレーション手法の開発と応用

    2006年4月 - 2007年3月

    学術研究振興資金 福澤基金 

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    資金種別：競争的資金

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  • 拡張アンサンブル法による蛋白質のフォールディングシミュレーション

    2005年4月 - 2006年3月

    慶應義塾学事振興資金 

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    資金種別：競争的資金

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  • 拡張アンサンブル法によるタンパク質のフォールディングシミュレーション

    2004年4月 - 2006年3月

    科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 特定領域研究「水と生体分子」 

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    資金種別：競争的資金

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  • 生体高分子系の大規模な拡張アンサンブルシミュレーション

    2004年4月 - 2005年3月

    慶應義塾学事振興資金 

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    資金種別：競争的資金

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  • RISM理論で溶媒効果を取り入れた第一原理からのタンパク質の立体構造予測

    2003年4月 - 2005年3月

    科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 特定領域研究 「ゲノム情報科学」 

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    資金種別：競争的資金

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  • 生体高分子系の新しい拡張アンサンブル法の開発

    2003年4月 - 2004年3月

    慶應義塾学事振興資金 

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    資金種別：競争的資金

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  • 拡張アンサンブルシミュレーションを用いた小タンパク質の巻き戻り問題の研究

    2002年4月 - 2005年3月

    科学研究費補助金(文部科学省・日本学術振興会） 若手B 

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    資金種別：競争的資金

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  • 拡張アンサンブル法を用いた大規模シミュレーションによる生体高分子の研究

    2001年4月 - 2002年3月

    慶應義塾学事振興資金 

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    資金種別：競争的資金

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その他

  • Organizing Committe (Vice Chair) of International Symposium on Extended Molecular Dynamics and Enhanced Sampling: Nosé Dynamics 30 Years (NOSE30)

    2014年11月

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