Organization
Undergraduate School School of Science and Technology Professor
Title
Professor
External link
Degree
-
博士（理学） ( The Graduate University for Advanced Studies )
Research Interests
-
分子シミュレーション
-
ダイナミクス
-
生体高分子
-
拡張アンサンブル法
-
統計物理学
-
緩和モード解析
Research Areas
-
Life sciences / Biophysics
-
Informatics / Biological, health, and medical informatics
-
Natural sciences / Bio-, chemical, and soft-matter physics
Research History
-
Meiji University Associate Professor
2018.4
-
さきがけ研究者（併任）
2013.10 - 2017.3
-
大学専任講師
2012.4
-
Sabbatical in Professor Charles L. Brooks,III Group, Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute
2006.4 - 2007.3
-
Assistant Professor
2001.4 - 2012.3
-
日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業 ,ﾘｻｰﾁｱｿｼｴｲﾄ
2000.4 - 2001.3
-
日本学術振興会 特別研究員（PD: DC2の残期間)
1999.10 - 2000.3
-
日本学術振興会 特別研究員(DC2)
1998.4 - 1999.9
-
豊田工業大学 非常勤講師
1997.4 - 1997.9
-
Keio University Faculty of Science and Technology, Department of Physics Senior Assistant Professor / Assistant Professor
Professional Memberships
-
分子シミュレーション研究会
-
日本物理学会
-
日本生物物理学会
-
蛋白質科学会
Committee Memberships
-
日本蛋白質科学会 理事
2020.6
-
分子シミュレーション研究会 幹事
2018.12
-
日本生物物理学会 理事（庶務）
2016.6 - 2019.6
Committee type：Academic society
-
日本物理学会 領域運営委員
2013.4 - 2014.3
Committee type：Academic society
-
日本生物物理学会 編集委員
2010.1 - 2011.12
Committee type：Academic society
-
日本生物物理学会 Editor
2010.1 - 2011.12
Committee type：Academic society
-
蛋白質科学会 理事
2009.4 - 2012.3
Committee type：Other
-
蛋白質科学会 理事
2005.4 - 2007.3
Committee type：Academic society
-
蛋白質科学会 Director
2005.4 - 2007.3
Committee type：Academic society
Papers
-
Structural and Computational Insights into Dynamics and Intermediate States of Orexin 2 Receptor Signaling. International journal
Shun Yokoi, Ryoji Suno, Ayori Mitsutake
The journal of physical chemistry. B 2024.5
-
Analysis of Protein Folding Simulation with Moving Root Mean Square Deviation.
Yutaka Maruyama, Ryo Igarashi, Yoshitaka Ushiku, Ayori Mitsutake
J. Chem. Inf. Model. 63 ( 5 ) 1529 - 1541 2023.3
-
Non-Markov-Type Analysis and Diffusion Map Analysis for Molecular Dynamics Trajectory of Chignolin at a High Temperature
Hiroshi Fujisaki, Hiromichi Suetani, Luca Maragliano, Ayori Mitsutake
Life 2022.8
-
Computational Analysis of the SARS-CoV-2 RBD–ACE2-Binding Process Based on MD and the 3D-RISM Theory
Norio Yoshida, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Akiyoshi Kuroda, Ryo Fujiki, Kodai Kanemaru, Daisuke Okamoto, Alexander E. Kobryn, Sergey Gusarov, Haruyuki Nakano
Journal of Chemical Information and Modeling 62 ( 11 ) 2889 - 2898 2022.6
-
Structural Stability Analysis of Proteins Using End-to-End Distance: A 3D-RISM Approach
Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake
J 5 ( 1 ) 114 - 125 2022.2
-
Molecular Dynamics Simulations for the Determination of the Characteristic Structural Differences between Inactive and Active States of Wild Type and Mutants of the Orexin2 Receptor. International journal
Shun Yokoi, Ayori Mitsutake
The journal of physical chemistry. B 125 ( 17 ) 4286 - 4298 2021.5
-
Universal Relation between Instantaneous Diffusivity and Radius of Gyration of Proteins in Aqueous Solution. International journal
Eiji Yamamoto, Takuma Akimoto, Ayori Mitsutake, Ralf Metzler
Physical review letters 126 ( 12 ) 128101 - 128101 2021.3
-
Mutation-induced change in chignolin stability from pi-turn to alpha-turn
Yutaka Maruyama, Shunpei Koroku, Misaki Imai, Koh Takeuchi, Ayori Mitsutake
RSC ADVANCES 10 ( 38 ) 22797 - 22808 2020.6
-
Folding pathways of NuG2-a designed mutant of protein G-using relaxation mode analysis Reviewed
Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 151 ( 4 ) 2019.7
-
Identification of slow relaxation modes in a protein trimer via positive definite relaxation mode analysis Reviewed
Karasawa Naoyuki, Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 150 ( 8 ) 2019.2
-
Analysis of molecular dynamics simulations of 10-residue peptide, chignolin, using statistical mechanics: Relaxation mode analysis and three-dimensional reference interaction site model theory.
Yutaka Maruyama, Hiroshi Takano, Ayori Mitsutake
Biophysics and physicobiology 16 407 - 429 2019
-
Conformational change of a biomolecule studied by the weighted ensemble method: Use of the diffusion map method to extract reaction coordinates Reviewed International journal
Fujisaki Hiroshi, Moritsugu Kei, Mitsutake Ayori, Suetani Hiromichi
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 149 ( 13 ) 134112 - 134112 2018.10
-
Analysis of Structural Stability of Chignolin Reviewed
Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake
Journal of Physical Chemistry B 122 ( 14 ) 3801 - 3814 2018.4
-
Relaxation mode analysis for molecular dynamics simulations of proteins Invited
Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano
Biophysical Reviews 10 ( 2 ) 375 - 389 2018.4
-
Application of reference-modified density functional theory: Temperature and pressure dependences of solvation free energy Reviewed
Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenji Mochizuki, Kenichiro Koga
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 39 ( 4 ) 202 - 216 2018.2
-
Dynamical Analysis Methods for Protein Folding Simulations
Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi
BIOPHYSICAL JOURNAL 114 ( 3 ) 45A 2018.2
-
Two-step relaxation mode analysis with multiple evolution times applied to all-atom molecular dynamics protein simulation Reviewed
N. Karasawa, A. Mitsutake, H. Takano
PHYSICAL REVIEW E 96 ( 6 ) 2017.12
-
Stability of Unfolded and Folded Protein Structures Using a 3D-RISM with the RMDFT Reviewed
Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 121 ( 42 ) 9881 - 9885 2017.10
-
Improved Relaxation Mode Analysis of a Hen Egg-White Lysozyme Protein
Naoyuki Karasawa, Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano
BIOPHYSICAL JOURNAL 112 ( 3 ) 353A - 353A 2017.2
-
A reference-modified density functional theory: An application to solvation free-energy calculations for a Lennard-Jones solution Reviewed
Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenichiro Koga
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 144 ( 22 ) 224104 2016.6
-
Investigating Kinetics of Conformational Change using Molecular Dynamics and Milestoning
Hiroshi Fujisaki, Ayori Mitsutake
BIOPHYSICAL JOURNAL 110 ( 3 ) 523A - 523A 2016.2
-
Relaxation mode analysis and Markov state relaxation mode analysis for chignolin in aqueous solution near a transition temperature Reviewed
Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 143 ( 12 ) 124111 2015.9
-
A solvation-free-energy functional: A reference-modified density functional formulation Reviewed
Tomonari Sumi, Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 36 ( 18 ) 1359 - 1369 2015.7
-
19aCT-7 Relaxation mode analysis for small protein simulations IV
Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi
Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan 70 3018 - 3018 2015
-
Erratum: “A solvation-Free-Energy Functional: A Reference-Modified Density Functional Formulation" [J. Comput. Chem. 2015, 36, 1359–1369] Reviewed
Tomonari Sumi, Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama
J. Comput. Chem. 36 2009 - 2011 2015
-
23pAA-3 Relaxation mode analysis for small protein simulations III
Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi
Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan 70 3376 - 3376 2015
-
Liquid-solid and solid-solid phase transition of monolayer water: High-density rhombic monolayer ice Reviewed
Toshihiro Kaneko, Jaeil Bai, Kenji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Zeng
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 140 ( 18 ) 184507 2014.5
-
Relaxation Mode Analysis for a Peptide
Ayori Mitsutake
BIOPHYSICAL JOURNAL 106 ( 2 ) 405A - 405A 2014.1
-
1P022 Relaxation Mode Analysis of Chignolin at Transition Temperature(Protein: Structure & Function,Poster,The 52th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))
Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano
Seibutsu Butsuri 54 ( 1 ) S144 2014
-
New Computational Approach to Determine Liquid-Solid Phase Equilibria of Water Confined to Slit Nanopores
Toshihiro Kaneko, Jaeil Bai, Kenji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Zeng
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 9 ( 8 ) 3299 - 3310 2013.8
-
Principal Component Relaxation Mode Analysis of an All-Atom Molecular Dynamics Simulation of Human Lysozyme Reviewed
Toshiki Nagai, Ayori Mitsutake, Hiroshi Takanoy
JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 82 ( 2 ) 023803 2013.2
-
Effective sampling algorithms and analysis method for biomolecular simulations Reviewed
Ayori Mitsutake
4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU 1518 598 - 601 2013
-
Multibaric-Multithermal Ensemble Study of Liquid-Solid Phase Transition in Lennard-Jones Particles
Toshihiro Kaneko, Ayori Mitsutake, Kenji Yasuoka
JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 81 SA014 2012.9
-
2B1424 Relaxation mode analysis for simulations of protein systems(Proteins:Structure & Function II:Theory, Aggregation,Oral Presentation,The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Mitsutake Ayori, Nagai Toshiki, Takano Hiroshi
Seibutsu Butsuri 52 S40 2012
-
Relaxation mode analysis of a peptide system: Comparison with principal component analysis
Ayori Mitsutake, Hiromitsu Iijima, Hiroshi Takano
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 135 ( 16 ) 164102(15 pages) 2011.10
-
Size-Dependent Phase Changes in Water Clusters
Toshihiro Kaneko, Takuma Akimoto, Kenji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Zeng
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 7 ( 10 ) 3083 - 3087 2011.10
-
Generalized-ensemble simulations in protein science Invited
Yoshiharu Mori, MITSUTAKE AYORI, Yuko Okamoto
Proceedings of MSSMBS 10, edited by K.Kholmurodov/The 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS' 10:Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences 46-60 2011.9
-
蛋白質系の拡張アンサンブルシミュレーション Invited
MITSUTAKE AYORI
CAMMフォーラム 2011.6
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MULTICANONICAL MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION STUDY OF THE LIQUID-SOLID AND SOLID-SOLID TRANSITIONS IN LENNARD-JONSE CLUSTERS Reviewed
Toshihiro Kaneko, Kenji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Zeng
PROCEEDINGS OF THE ASME/JSME 8TH THERMAL ENGINEERING JOINT CONFERENCE 2011, VOL 3 565 - + 2011
-
多変数拡張アンサンブル法
MITSUTAKE AYORI
分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 12 ( 2 ) 29-35 2010.4
-
Multi-dimensional multicanonical algorithm, simulated tempering, replica-exchange method, and all that Invited Reviewed
Ayori Mitsutake, Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto
RECENT DEVELOPMENTS IN COMPUTER SIMULATION STUDIES IN CONDENSED MATTER PHYSICS 4 89 - 105 2010
-
3P043 Relaxation Mode Analysis of a protein using a Molecular Dynamics Simulation(Protein: Structure & Function,The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Nagai Toshiki, Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi
Seibutsu Butsuri 50 ( 2 ) S152 2010
-
Simulated-tempering replica-exchange method for the multidimensional version Reviewed
Ayori Mitsutake
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 131 ( 9 ) 094105 2009.9
-
Multidimensional generalized-ensemble algorithms for complex systems Reviewed
Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 130 ( 21 ) 214105 2009.6
-
From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering Reviewed
Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto
Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics 79 ( 4 ) 2009.4
-
From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering Reviewed
Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto
PHYSICAL REVIEW E 79 ( 4 ) 047701 2009.4
-
1P-066 Relaxation Mode Analysis of a Biopolymer System by Molecular Dynamics(Protein:Measurement & Analysis, The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Nagai Toshiki, Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi
Seibutsu Butsuri 49 S73 2009
-
Generalized-ensemble algorithms for protein folding simulations Reviewed
Yuji Sugita, Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto
Lecture Notes in Physics 736 369 - 407 2008
-
Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory Reviewed
A. Mitsutake, M. Kinoshita, F. Hirata, Y. Okamoto
CONDENSED MATTER PHYSICS 10 ( 4 ) 495 - 508 2007
-
拡張アンサンブル入門IV Reviewed
光武 亜代理
分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 8 ( 2 ) 8-15 2006
-
拡張アンサンブル入門V Reviewed
光武 亜代理
分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 8 ( 4 ) 39-49 2006
-
Generalized-ensemble simulations of biomoleculer systems Reviewed
A. Mitsutake
BIOPHYSICAL JOURNAL 88 ( 1 ) 513A - 513A 2005.1
-
拡張アンサンブル入門II Reviewed
MITSUTAKE AYORI
分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 7 ( 3 ) 2-10 2005
-
拡張アンサンブル入門III Reviewed
光武 亜代理
分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 7 ( 4 ) 25-32 2005
-
拡張アンサンブル入門I Reviewed
光武 亜代理
分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 7 ( 2 ) 11-17 2005
-
Combination of the replica-exchange Monte Carlo method and the reference interaction site model theory for simulating a peptide molecule in aqueous solution Reviewed
A. Mitsutake, M Kinoshita, Y Okamoto, F Hirata
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 108 ( 49 ) 19002 - 19012 2004.12
-
Replica-exchange extensions of simulated tempering method Reviewed
A. Mitsutake, Y Okamoto
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 121 ( 6 ) 2491 - 2504 2004.8
-
Generalized-ensemble Monte Carlo algorithms for simulations of proteins Reviewed
A. Mitsutake, Y Sugita, Y Okamoto
SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS 708 350 - 351 2004
-
Molecular dynamics of C-peptide of ribonuclease A studied by replica-exchange Monte Carlo method and diffusion theory Reviewed
G La Penna, A. Mitsutake, M Masuya, Y Okamoto
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 380 ( 5-6 ) 609 - 619 2003.10
-
Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides. I. Formulation and benchmark test Reviewed
A. Mitsutake, Y Sugita, Y Okamoto
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 118 ( 14 ) 6664 - 6675 2003.4
-
Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides. II. Application to a more complex system Reviewed
A. Mitsutake, Y Sugita, Y Okamoto
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 118 ( 14 ) 6676 - 6688 2003.4
-
Analysis of C-peptide of ribonuclease A studied by replica-exchange Monte Carlo method and diffusion theory
Mitsutake A., Penna Giovanni, Okamoto Y.
Seibutsu Butsuri 43 S92 2003
-
Generalized-ensemble simulations of spin systems and protein systems Reviewed
T Nagasima, Y Sugita, A. Mitsutake, Y Okamoto
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 146 ( 1 ) 69 - 76 2002.6
-
A pH-Dependent variation in alpha-helix structure of the S-peptide of ribonuclease A studied by Monte Carlo simulated annealing Reviewed
T Nakazawa, S Ban, Y Okuda, M Masuya, A. Mitsutake, Y Okamoto
BIOPOLYMERS 63 ( 4 ) 273 - 279 2002.4
-
1J1615 Replica-exchange Monte Carlo Simulation of Met-enkephalin including solvation effects based on RISM theory
Mitsutake A., Kinosita M., Okamoto Y., Hirata F.
Seibutsu Butsuri 42 ( 2 ) S58 2002
-
Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations of biopolymers Reviewed
A. Mitsutake, Y Sugita, Y Okamoto
BIOPOLYMERS 60 ( 2 ) 96 - 123 2001
-
拡張アンサンブル法によるタンパク質の折り畳みシミュレーション Reviewed
杉田有治, 光武亜代理, 岡本祐幸
日本物理学会誌 56 ( 8 ) 591-599 - 599 2001
-
Prediction of the tertiary structure of the S-peptide of RNase A by Monte Carlo simulated annealing and its assessment by NMR in solution
Nakazawa T., Okuda Y., Yoshida T., Kobayashi Y., Mitsutake A., Okamoto Y.
Seibutsu Butsuri 41 S110 2001
-
Generalized-ensemble Monte Carlo simulations of peptides Reviewed
A. Mitsutake
物性研究 76 840-847 2001
-
Generalized ensemble simulation of protein G in model solvent
Mitsutake A, Sugita Y, Okamoto Y
Seibutsu Butsuri 41 S174 2001
-
Replica-exchange simulated tempering method for simulations of frustrated systems Reviewed
A. Mitsutake, Y Okamoto
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 332 ( 1-2 ) 131 - 138 2000.12
-
Multicanonical algorithm combined with the RISM theory for simulating peptides in aqueous solution Reviewed
A. Mitsutake, M Kinoshita, Y Okamoto, F Hirata
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 329 ( 3-4 ) 295 - 303 2000.10
-
徐冷モンテカルロ法によるヒト副甲状腺ホルモン断片のα-ヘリックス構造形成機構の研究
奥田 有香, 升屋 正人, 光武 亜代理, 岡本 祐幸, 中沢 隆
生物物理 40 ( Suppl.1 ) S18 - S18 2000.8
-
Helix-coil transitions of amino-acid homo-oligomers in aqueous solution studied by multicanonical simulations Reviewed
Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto
Journal of Chemical Physics 112 ( 23 ) 10638 - 10647 2000.6
-
Classification of low-energy conformations of met-enkephalin in the gas phase and in a model solvent based on the extended scaled particle theory Reviewed
A. Mitsutake, M Irisa, Y Okamoto, F Hirata
BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 72 ( 8 ) 1717 - 1729 1999.8
-
alpha-Helix propensities of homo-oligomers in aqueous solution studied by multicanonical algorithm Reviewed
A Mitsutake, Y Okamoto
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 309 ( 1-2 ) 95 - 100 1999.8
-
3PA037 マルチカノニカル法による小ペプチド系の2次構造形成シミュレーション
光武 亜代理, 岡本 祐幸
生物物理 39 S158 1999
-
Temperature dependence of distributions of conformations of a small peptide Reviewed
A. Mitsutake, UHE Hansmann, Y Okamoto
JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING 16 ( 4-6 ) 226 - + 1998.8
-
A method for calculating the eigenvalues of large Hermitian matrices by second-order recursion formulae Reviewed
A. Mitsutake, T Iitaka, Y Okamoto
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 96 ( 2-3 ) 217 - 231 1996.8
Books
-
Biomolecular Simulations: Methods and Protocols
A. Mitsutake, Y. Mori, Y. Okamoto（ Role： Joint author）
2012
MISC
-
Characteristic structural difference between inactive and active states of orexin 2 receptor determined using molecular dynamics simulations
Shun Yokoi, Ayori Mitsutake
Biophysical Reviews 2021
-
How can we extract reaction coordinates from molecular dynamics simulations of biomolecules?
Fujisaki Hiroshi, Suetani Hiromichi, Mitsutake Ayori
Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan 72 ( 0 ) 3237 - 3237 2017
-
19pBW-11 Rate calculations for conformational change of biomolecules using the milestoning method
Fujisaki Hiroshi, Mitsutake Ayori
Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan 71 ( 0 ) 3181 - 3181 2016
-
Effective Sampling Algorithms and Analysis Methods for Molecular Simlations of Proteins Invited Reviewed
MITSUTAKE AYORI
日本物理学会学会誌 70 ( 3 ) 194 - 199 2015.3
-
27pAB-11 Phase Transition of Water Confined in Slit Pores
Kaneko Toshihiro, Bai Jaeil, Yasuoka Kenji, Mitsutake Ayori, Zeng Xiao Cheng
Meeting abstracts of the Physical Society of Japan 69 ( 1 ) 397 - 397 2014.3
-
30pAA-8 Relaxation mode analysis for small protein simulations
Mitsutake Ayori, Koizumi Yuta, Nagai Toshiki, Takano Hiroshi
Meeting abstracts of the Physical Society of Japan 69 ( 1 ) 437 - 437 2014.3
-
30pAA-3 Molecular Dynamics SImulations of Equine Apomyoglobin at Low Temperatures
Suguri Sho, Mitsutake Ayori, Takano Hiroshi
Meeting abstracts of the Physical Society of Japan 69 ( 1 ) 436 - 436 2014.3
-
学術賞受賞寄稿「多次元焼き戻し法の開発及び緩和モード解析とWHAM法の一般化による構造解析法の開発」 Invited Reviewed
MITSUTAKE AYORI
分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル" 16 ( 1 ) 1 - 6 2014.2
-
27aXZC-6 Static and Dynamic Properties of Structural Fluctuations in Homologous Proteins
KOIZUMI Yuta, MITSUTAKE Ayori, TAKANO Hiroshi
Meeting abstracts of the Physical Society of Japan 68 ( 1 ) 433 - 433 2013.3
-
27pXZD-3 Effective generalized-ensemble algorithms and analysis methods for biomolecular simulations
Mitsutake Ayori
Meeting abstracts of the Physical Society of Japan 68 ( 1 ) 437 - 437 2013.3
-
20pAB-5 Relaxation Mode Analysis of Homologous Proteins
KOIZUMI Yuta, MITSUTAKE Ayori, TAKANO Hiroshi
Meeting abstracts of the Physical Society of Japan 67 ( 2 ) 337 - 337 2012.8
-
27aPS-82 Generelized-ensemble simulations of small proteins
Mitsutake A., Sugita Y., Okamoto Y.
Meeting abstracts of the Physical Society of Japan 57 ( 1 ) 299 - 299 2002.3
-
Generalized-ensemble simulations of Potts model systems
Nagasima Takehiro, Sugita Yuji, Mitsutake Ayori, Okamoto Yuko
Meeting abstracts of the Physical Society of Japan 56 ( 1 ) 228 - 228 2001.3
-
“RISM理論を用いたMet-enkephalinのマルチカノニカルシミュレーション”
光武亜代理, 木下正弘, 岡本祐幸, 平田文男
１C1100，日本生物物理学会第38回年会予稿集(2000). 2000
-
Solvent Effects on Conformational Stability of Peptide and on Folding
F. Hirata, A. Mitsutake, M. Kinoshita, Y. Okamoto
Annual Conference on the Physical Chemistry of Liquids: Molecules - Macromolecules - Biomolecules，L54 2000
-
Simulated annealing study of α-helix forming tendency of a β-lactoglobulin fragment
Mitsutake A., Irisa M., Okamoto Y., Hirata F.
Biophysics 38 ( 2 ) S22 1998.9
-
3a-G-8 Calculating the eigenvalues of large Hermitian matrices by second-order difference equations
Mitsutake A, Iitaka T., Okamoto Y.
Abstracts of the meeting of the Physical Society of Japan. Annual meeting 51 ( 4 ) 110 - 110 1996.3
-
31a-P-4 Multicanonical study of the three-dimensional structures of a peptide with solvatoin free energy included a la extended scaled particle theory
Irisa M., Hansmann U., Mitsutake A., Okamoto Y., Hirata F.
Abstracts of the meeting of the Physical Society of Japan. Annual meeting 51 ( 3 ) 562 - 562 1996.3
Presentations
-
リングポリマーブラシの静的・動的特性
川島聡, 高野宏, 光武 亜代理
日本物理学会2017年年次大会 2017.3 日本物理学会
-
分子動力学法を用いたタンパク質の緩和モード解析II
唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏
日本物理学会2017年年次大会 2017.3 日本物理学会
-
緩和モード解析による200残基程度の蛋白質のマイクロ秒程度の分子シミュレーションの動的解析
光武亜代理, 竹内恒, 高野宏
日本物理学会2017年年次大会 2017.3 日本物理学会
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生体分子の分子シミュレーションから反応座標をどう抜き出すか？
藤崎弘士, 末谷大道, 光武亜代理
日本物理学会2017年年次大会 2017.3 日本物理学会
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Improved Relaxation Mode Analysis of a Hen Egg-white Lysozyme Protein International conference
KARASAWA NAOYUKI, MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI
Biophysical Society 61st Annual Meeting 2017.2
-
Investigating Dynamics and Kinetics of Proteins by using Relaxation Mode Analysis Invited International conference
MITSUTAKE AYORI
The Third Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches", Korea 2017.2
-
Slow Relaxation Dynamics of Hen Egg-White Lysozyme Extracted by Relaxation Mode Analysis International conference
"The Third Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches",Korea 2017.2
-
Relaxation Mode Analysis for Molecular Simulations of Proteins Invited International conference
MITSUTAKE AYORI
JST-Bay Area Structural Biology Workshop, U.S. 2017.1
-
緩和モード解析を用いた蛋白質のダイナミクスの研究
光武 亜代理, 高野宏
第30回 分子シミュレーション討論会 2016.12 分子シミュレーション研究会
-
緩和モード解析による蛋白質系の遅い緩和ダイナミクスの抽出
唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏
第30回 分子シミュレーション討論会 2016.11 分子シミュレーション研究会
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Relaxation mode analysis for long time simulations of proteins International conference
MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI
The 54th Annual Meeting of the BSJ 2016.11 日本生物物理学会
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Dynamical analysis of protein simulations by using two-step relaxation mode analysis International conference
KARASAWA NAOYUKI, MITUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI
The 54th Annual Meeting of the BSJ 2016.11 日本生物物理学会
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分子動力学法を用いたタンパク質の緩和モード解析II
唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏
日本物理学会2016年秋季大会 2016.9 日本物理学会
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Two-step relaxation mode analysis with multiple evolution times of an all-atom molecular dynamics simulation of a protein International conference
KARASAWA NAOYUKI, MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI
International union of pure and applied physics 26th international conference on statistical physics 2016.7
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改良された緩和モード解析によるたんぱく質シミュレーションの動的解析 Invited
唐澤直之, 光武亜代理, 高野宏
第16回日本蛋白質科学会年会 2016.6 日本蛋白質科学会
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緩和モード解析による蛋白質のダイナミクスの解析
光武亜代理, 高野宏
第16回日本蛋白質科学会年会 2016.6 日本蛋白質科学会
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生体分子における構造変化遷移レートのマイルストーン法を用いた計算
FUJISAKI HIROSHI, MITSUTAKE AYORI
日本物理学会 第71回年次大会2016年 2016.3 日本物理学会
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分子動力を用いたタンパク質の緩和モード解析
KARASAWA NAOYUKI, MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI
日本物理学会 第71回年次大会2016年 2016.3 日本物理学会
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Investigating kinetics of conformational change using molecular dynamics and milestoning International conference
FUJISAKI HIROSHI, MITSUTAKE AYORI
Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016 2016.3 Biophysical Society
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Relaxation mode analysis for protein simulations International conference
MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI
Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016 2016.2 Biophysical Society
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小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モードIV
MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI
日本物理学会 2015年秋季大会 2015.9 日本物理学会
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緩和モード解析による蛋白質の動的性質の研究
MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI
第53回日本生物物理学会年会 2015.9 日本生物物理学会
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緩和モード解析による転移温度付近の10残基のシニョリンのダイナミクス Invited
MITSUTAKE AYORI, TAKANO HIROSHI
第53回日本生物物理学会年会 2015.9 日本生物物理学会
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タンパク質系の緩和モード解析
MITSUTAKE AYORI
第14回関東ソフトマター研究会 2015.8 関東ソフトマター研究会
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緩和モード解析を用いた蛋白質のダイナミクスの研究 Invited
MITSUTAKE AYORI
第15回日本蛋白質科学会年会 2015.6
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シニョリンの構造安定性解析II
丸山豊, 光武亜代理
日本物理学会年会 2015.3 日本物理学会
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小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析III
光武亜代理, 高野宏
日本物理学会年会 2015.3 日本物理学会
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Dynamics of 10-residue peptide, chignolin at a transition temperature, studied by relaxation mode analysis International conference
MITSUTAKE AYORI
Global Environmental System Leaders (GESL) Workshop : Molecular Simulation 2015.3 Keio University
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緩和モード解析によるシニョリンの動的解析性質
光武亜代理, 高野宏
分子シミュレーション討論会 2014.11 分子シミュレーション研究会
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剛体球参照系を用いた密度汎関数理論に基づく新しい溶媒和自由エネルギー表式
MITSUTAKE AYORI
分子シミュレーション討論会 2014.11 分子シミュレーション研究会
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Exploring Free Energy Surfaces with Generalized-ensemble Algorithms International conference
Ayori Mitsutake
Nose30 International Symposium 2014 2014.11
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Analysis for the structural stability of chignolin International conference
Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama
Nose30 International Symposium 2014 2014.11
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Relaxation Mode Analysis of Chignolin at Transition Temperature
Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano
The 52nd Annual Meeting of the BSJ 2014.9 Biophysical Society of Japan
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Effective Sampling Algorithms and Analysis Methods for Protein Simulations Invited International conference
MITSUTAKE AYORI
The 14th KIAS Conference on Protein Structure and Function 2014.9
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シニョリンの構造安定性解析
光武 亜代理, 丸山豊
日本物理学会秋季大会 2014.9 日本物理学会
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分子シミュレーションを用いた蛋白質系の緩和モード解析
MITSUTAKE AYORI
第１３回ソフトマター研究会 2014.8 第１３回ソフトマター研究会
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緩和モード解析によるシニョリンの動的性質
光武亜代理, 高野宏
蛋白質科学会年会 2014.6 蛋白質科学会
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Chignolin mini-protein folding analysis with MD/3D-RISM method
光武 亜代理, 丸山豊
日本蛋白質科学会年会 2014.6 日本蛋白質科学会
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小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析II
MITSUTAKE AYORI
日本物理学会 第69回年次大会(2014)東海大学、神奈川 2014.3 日本物理学会
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低温におけるウマのアポミオグロビンの分子動力学シミュレーション
須栗翔, 光武亜代理, 高野宏
日本物理学会 第69回年次大会 2014.3 日本物理学会
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Dynamics of Chignolin Studied by Relaxation Mode Analysis International conference
Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano
Nagoya Symposium on Depletion Forces: Celebrating the 60th Anniversary of the Asakura-Oosawa Theory (2014) Nagoya, Japan 2014.3 Nagoya University
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Relaxation Mode Analysis for a Peptide Invited International conference
MITSUTAKE AYORI
The Biophysical Society 58th Annual Meeting (2014) San Francisco, USA 2014.2
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Relaxation Mode Analysis for Simulations of Proteins International conference
Ayori Mitsutake, Yuta Koizumi, Toshiki Nagai, Hiroshi Takano
The 2nd international symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions" (2014) Kyoto, Japan 2014.1
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Effective Sampling Algorithms and Analysis Methods for Protein Simulations Invited International conference
MITSUTAKE AYORI
3rd International Conference on Molecular Simulation (2013), Kobe, Japan 2013.11
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Relaxation Mode Analysis for Biomolecules International conference
Ayori Mitsutake, Yuta Koizumi, Toshiki Nagai, Hiroshi Takano
3rd International Conference on Molecular Simulation (2013), Kobe, Japan 2013.11 分子シミュレーション研究会
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多変数拡張アンサンブル法とその応用 Invited
MITSUTAKE AYORI
計算統計物理学第4回研究会 2013.10 計算統計物理学研究会
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小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析
光武亜代理, 小泉祐太, 長井俊樹, 高野宏
日本物理学会秋季大会 2013.9 日本物理学会
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分子シミュレーションによる相同タンパク質の構造ゆらぎの静的・動的性質
小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏
第13回日本蛋白質科学会年会 2013.6 日本蛋白質科学会
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生体分子系で有効な拡張アンサンブル法及び構造解析法の開発 Invited
MITSUTAKE AYORI
第68回日本物理学会年次大会 2013.3
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Effective sampling algorithms and analysis method for biomolecular simulations International conference
MITSUTAKE AYORI
The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems 2012.12
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蛋白質系への緩和モード解析の適用
長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏
第26回分子シミュレーション討論会 2012.11
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ナノ細孔中の分子の固液平衡条件を決定するための新規手法の開発
金子敏宏, Jaeil BAI, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng ZENG
第26回分子シミュレーション討論会 2012.11
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拡張アンサンブル分子動力学法による単純液体の固液相転移温度の推定
増永充宏, 金子敏宏, 光武亜代理, 泰岡顕治
第26回分子シミュレーション討論会 2012.11
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相同タンパク質の構造ゆらぎの緩和
小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏
第26回分子シミュレーション討論会 2012.11
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Umbrella sampling法を用いたタンパク質中のリガンド移動メカニズム の解明
都築峰幸, 光武亜代理, 倭剛久
第26回分子シミュレーション討論会 2012.11
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分子動力学法を用いた蛋白質の緩和モード解析
長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏
第50回日本生物物理学会年会 2012.9
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相同タンパク質に対する緩和モード解析
小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏
日本物理学会第67回秋季大会 2012.9
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Size-Dependent Phase Transitions in TIP4P Water Clusters Investigated by Multicanonical-Ensemble Molecular Dynamics Simulations International conference
T. Kaneko, T. Akimoto, K. Yasuoka, A. Mitsutake, X. C. Zeng
Energy Landscapes 2012.8
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ヘテロポリマー系の緩和モード解析
光武亜代理, 長井俊樹, 高野宏
蛋白質科学会年会 2012.6
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拡張アンサンブル分子動力学法によるスリット型細孔中に閉じ込められた水分子の融点の推定
MITSUTAKE AYORI
第49回日本伝熱シンポジウム 2012.5
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生体高分子系の緩和モード解析
光武 亜代理, 長井 俊樹, 飯島 寛允, 高野 宏
2012年日本物理学会春季大会 2012.3
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Exploring Free Energy Landscapes of Proteins with Molecular Simulations International conference
MITSUTAKE AYORI
The international conference on statistical mechanics of liquids: from water to biomolecules 2012.2
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Development of effective sampling algorithm and analysis method for biomolecular simulations Invited International conference
MITSUTAKE AYORI
4th Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences- Experiments and Simulations 2012.1
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拡張アンサンブル分子動力学による低分子系の固液相転移現象の研究
金子 敏宏, 泰岡 顕治, 光武 亜代理, Xiao Cheng ZENG
第25回分子シミュレーション討論会 2011.11
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多変数シミュレーティッド・テンパリング法の開発
光武 亜代理
分子シミュレーション討論会 2011.11
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Isobaric-multithermal ensemble simulation of simple liquids confined in slit pores International conference
Toshihiro Kaneko, Keinji Yasuoka, Ayori Mitsutake, Xiao Cheng Seng
8th Liquid Matter Conference 2011.9
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Multidimensional simulated-tempering algorithm of a peptide system International conference
MITSUTAKE AYORI
The 2nd international symposium on "Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials" 2011.9
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分子クラスターの動的共存現象とサイズ依存性
金子敏宏, 秋元琢磨, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng Zeng
可視化情報学会全国講演会 2011.9
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Dynamical coexistence and size dependence of water cluster International conference
Toshihiro Kaneko, Takuma Akimoto, Kenji Yasuoka, MITSUTAKE AYORI, Xiao Cheng Zeng
The 5th International Mini-symposium on Liquids 2011.6
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マルチカノニカル分子動力学法による分子クラスターの転移現象の解明
金子敏宏, 秋元琢磨, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng Zeng
第24回分子シミュレーション討論会 2010.11
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ペプチドの主成分解析と緩和モード解析III
MITSUTAKE AYORI
日本物理学会2010年秋期大会 2010.9 日本物理学会
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Multidimensional Generalized-ensemble Algorithms for Protein Folding and Binding Simulations Invited International conference
MITSUTAKE AYORI
The Fourth Shanghai International Conference on Biophysics and Molecular Biology (2010SICBM) 2010.8 Shanghai Society of Biophysics
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The melting points of molecular cluster studied by Multicanonical ensemble
金子敏宏, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng Zeng
The 4th Mini-Symposium on Liquids 2010.6
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物理化学に基づく蛋白質のフォールディングシミュレーション手法と解析手法の開発 Invited
光武 亜代理
生物構造学研究会第1回研究会 2010.5
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生体高分子の全原子構造に対する緩和モード解析
長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏
日本物理学会 第65回年次大会 2010.3 日本物理学会
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多変数シミュレーティッド・テンパリング法の開発
光武 亜代理, 岡本 祐幸
次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 第４回 公開シンポジウム 2010.3
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拡張アンサンブル分子動力学方によるスリット細孔に閉じ込められたLennard-Joones粒子の固液相転移
金子敏宏, 美馬俊喜, 光武亜代理, 泰岡顕治
スーパーコンピュータワークショップ2010 大規模並列分子シミュレーションの最前線 2010.1
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拡張アンサンブル法を用いた両親媒性ペプチド分子の構造解析
原知之, 光武 亜代理, 成見 哲, 泰岡顕治
第23回分子シミュレーション討論会 2009.11
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多変数拡張アンサンブル法の開発
光武 亜代理, 岡本祐幸
第23回分子シミュレーション討論会 2009.11
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Isobaric-Multithermalアンサンブルによるスリット細孔に閉じ込められたLennard-Jones粒子の固液相転移の解明
金子 敏宏, 美馬 俊喜, 光武 亜代理, 泰岡顕治
第23回分子シミュレーション討論会 2009.11
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Development of Simulated-Tempering Algorithms for a Multidimensional Version Invited
MITSUTAKE AYORI
The 2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences -Experiments and Simulations- 2009.11
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Multi-Dimensional Simulated-Tempering Algorithm for Peptide Systems
MITSUTAKE AYORI, OKAMOTO YUKO
The 3rd International symposium on "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions" 2009.11
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Multi-dimensional simulated-tempering replica-exchange simulations of a peptide
Ayori Mitsutake
第47回日本生物物理学会年会 2009.10
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Relaxation Mode Analysis of a Biopolymer System by Molecular Dynamics
Toshiki Nagai, Ayori Mitsutake, Hiroshi Takano
第47回日本生物物理学会年会 2009.10
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分子動力学法を用いた生体高分子系の緩和モード解析
長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏
日本物理学会 2009年秋季大会プログラム 2009.9 日本物理学会
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ペプチドの主成分解析と緩和モード解析II
光武亜代理, 高野宏
日本物理学会 2009年秋季大会プログラム 2009.9 日本物理学会
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Multi-dimensional simulated-tempering algorithm for complex systems
Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto
International Symposium on "Reaction Dynamics of Many-Body Chemical Systems" 2009.6
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多変数拡張アンサンブル法によるペプチド系のシミュレーション
MITSUTAKE AYORI
第9回日本蛋白質科学会年会 2009.5 日本蛋白質科学会
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小蛋白質の折畳みシミュレーション Invited
MITSUTAKE AYORI
次世代スーパーコンピュータプロジェクト ナノ分野グランドチャレンジ研究開発 ナノ統合拠点分子科学ＷＧ連続研究会 タンパク質制御（フォールディング） 2009.3
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Generalized-Ensemble Simulations of Small Protein Systems
MITSUTAKE AYORI
The 2nd International symposium on "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions" 2009.3
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拡張焼き戻し法によるペプチド系のシミュレーション
光武 亜代理, 岡本 祐幸
次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 第3回 公開シンポジウム 2009.3
Awards
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学術賞
2013.11 分子シミュレーション研究会 多次元焼き戻し法の開発及び緩和モード解析とWHAM法の一般化による構造解析法の開発
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物理学会若手奨励賞（領域12）
2013.3 日本物理学会 生体分子系で有効な拡張アンサンブル法及び構造解析法の開発
MITSUTAKE AYORI
Research Projects
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The mechanism of orexin receptors using molecular dynamics simulations
Grant number：22H04756 2022.4 - 2024.3
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
Grant amount：\3380000 （ Direct Cost: \2600000 、 Indirect Cost：\780000 ）
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生体分子系の分子シミュレーションと実験の相補的データ解析に向けた協働ネットワークの構築
2022 - 2023
科学技術振興機構 国際的な科学技術共同研究などの推進 国際科学技術共同研究推進事業 SICORP ReNewMAP
光武 亜代理
研究代表者らは、データ解析に緩和モード解析法を導入するなど物理学を基礎とした計算科学の手法をたんぱく質系の分子シミュレーションに応用し、近年は、これらの手法を駆使して、たんぱく質の機能メカニズムの解明に努めている。
渡航先の研究室では、X線結晶構造解析を主とした構造生物学の研究を行っている。渡航する研究者(博士課程1年)は、渡航先で研究しているたんぱく質の最新の実験データを基に、大規模な分子シミュレーションを実行する。計算と実験を連携させて、対象たんぱく質の機能メカニズムの理解に関する研究を進める。 -
Estimation of stability and functional changes due to amino acid substitution using molecular simulations
Grant number：20H03230 2020.4 - 2025.3
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Grant amount：\17940000 （ Direct Cost: \13800000 、 Indirect Cost：\4140000 ）
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Estimation of stability and functional changes due to amino acid substitution using molecular simulations
Grant number：23K20301 2020.4 - 2025.3
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Grant amount：\17940000 （ Direct Cost: \13800000 、 Indirect Cost：\4140000 ）
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Novel characterization of rare events in dynamic data and its application to biological time series
Grant number：16K00059 2016.4 - 2019.3
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C) Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Fujisaki Hiroshi, Mitsutake Ayori, Moritsugu Kei, Matsunaga Yasuhiro
Grant amount：\3640000 （ Direct Cost: \2800000 、 Indirect Cost：\840000 ）
It is a difficult problem to extract rare phenomena called rare events from dynamic data and to characterize them, and similar problems appear when generating data in simulation. When generating a time series of biomolecules by molecular dynamics simulation, structural change between stable states corresponds to a rare event, and the above problem appears. To solve this problem, we here employ a massively parallel computing method called weighted ensemble method. As a specific example, the method was applied to a small protein called chignorin, and it was shown that dynamic structural changes can be efficiently generated. In addition, we could extract reaction coordinates that are important for structural change using the diffusion map method of manifold learning.
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緩和モード解析によるタンパク質構造ダイナミクスの解明
2013.10 - 2017.3
Precursory Research for Embryonic Science and Technology
光武亜代理
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緩和モード解析による蛋白質の構造揺らぎの動的特徴
2013.4 - 2014.3
慶應義塾大学 学事振興資金（個人研究 特Ｂ）
光武亜代理
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多自由度・大規模系における反応と構造空間探索
2010.9 - 2014.3
新学術領域研究（研究領域提案型）「コンピュティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス」 Grant-in-Aid for Scientific Research
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多自由度・大規模系における反応と構造空間探索
2010.9 - 2014.3
新学術領域研究（研究領域提案型）「コンピュティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス」 Grant-in-Aid for Scientific Research
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物理化学的手法を用いた免疫系のペプチドの分子認識に対するシステムの構築
2010 - 2011
KLL指定研究プロジェクト
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拡張アンサンブル法による生体高分子系のシミュレーション
2007.4 - 2008.3
Grant-in-Aid for Scientific Research
Grant type：Competitive
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拡張アンサンブル法を用いた蛋白質の分子認識についてのシミュレーション手法の開発と応用
2006.4 - 2007.3
The Science Research Promotion Fund
Grant type：Competitive
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拡張アンサンブル法による蛋白質のフォールディングシミュレーション
2005.4 - 2006.3
Keio Gijuku Academic Development Funds
Grant type：Competitive
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拡張アンサンブル法によるタンパク質のフォールディングシミュレーション
2004.4 - 2006.3
Grant-in-Aid for Scientific Research
Grant type：Competitive
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生体高分子系の大規模な拡張アンサンブルシミュレーション
2004.4 - 2005.3
Keio Gijuku Academic Development Funds
Grant type：Competitive
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RISM理論で溶媒効果を取り入れた第一原理からのタンパク質の立体構造予測
2003.4 - 2005.3
Grant-in-Aid for Scientific Research
Grant type：Competitive
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生体高分子系の新しい拡張アンサンブル法の開発
2003.4 - 2004.3
Keio Gijuku Academic Development Funds
Grant type：Competitive
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拡張アンサンブルシミュレーションを用いた小タンパク質の巻き戻り問題の研究
2002.4 - 2005.3
Grant-in-Aid for Scientific Research
Grant type：Competitive
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拡張アンサンブル法を用いた大規模シミュレーションによる生体高分子の研究
2001.4 - 2002.3
Keio Gijuku Academic Development Funds
Grant type：Competitive
Other
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Organizing Committe (Vice Chair) of International Symposium on Extended Molecular Dynamics and Enhanced Sampling: Nosé Dynamics 30 Years (NOSE30)
2014.11
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